Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h2. Поисковые системы и базы данных

h3. 1. С помощью SRS найдите ваш белок в банке SwissProt и опишите не менее трех "особенностей" (features) в его аминокислотной последовательности 

 * *SRS* http://srs.ebi.ac.uk/

 * На странице *Library page* отметьте  *UniPRotKB/Swiss-Prot*

 * Выберите *Standard Query Form*

 * В одном из полей запроса выберите *ID* и внесите в окошко идентификатор вашего белка (или выберите *Accession Number* и внесите в окошко код доступа белка). 

 * Нажмите *Search*. Проследуйте по гиперссылке в левом столбце таблицы. 

 * Выберите очередную особенность. Рекомендую выбрать такую, которая относится к целому участку, а не к одному остатку. Пройдите по гиперссылке. Сохраните информацию об особенности в протоколе для последующего оформления на сайте(в данном случае проще скопировать с экрана). Опишите своими словами в чем состоит особенность. Последовательность особенности должна быть приведена обязательно.

h3. 2. Получите и сохраните описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к вашему белку

 * Вернитесь на страницу находок

 * Обратите внимание на окошко *Apply options to* слева. В нем указано к каким находкам буду применяться последующие действия. Отметьте галочкой находку, если сочтете необходимым.

 * Перейдите по ссылке *Link to related information*

 * Выберите банк *PDB* 

 * Получив список, сохраните информацию по ссылке *Save*. Перед сохранением следует следить за тем,  что в окошке указано:

   * сохранение в текстовом формате - *File(text)*

   * число *Number of entries to download* больше числа сохраняемых записей 

   * результат сохраняется в нужном вам виде; в данном случае, *Save with view* установить на *PDBShortView* (а можно было бы выбрать *Complete entries*, или  *fasta sequences*, или др.)

   * имя и расширение сохраняемого файла были подходящими

h3. 3. Найдите полноразмерные белки из Firmicutes, выполняющие функцию, сходную с функцией вашего белка 

 * Пользуясь SRS, составьте несколько (не менее двух) запросов к банку *Swissprot* и заполните "Таблицу":https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_11/term2/table_3-1.html

 * Строка запроса содержится в верхней части страницы с результатами, в окошке *Query*. 

 * При составлении запроса имейте в виду, что слова, входящие в описание вашего белка, ''приндексированы'' независимо друг от друга, поэтому имеет смысл вводить их по одному, соединяя знаком &. 

 * Чтобы исключить записи, содержащие лишь фрагмент последовательности, используйте оператор *НО НЕ* и тот факт, что слово *fragment* указывается в поле *DE*. Составьте запрос и на все последовательности, и на полноразмерные (не фрагменты) только.

 * Если описание содержит несколько синонимов (в таблице синонимы названы "формулировками функции"), то имеет смысл сделать несколько запросов - по одному на каждый синоним. Если синонимов нет, ограничьтесь одним запросом.

 * Для проверки почему запрос не дает ожидаемого результата используйте ссылку *i* слева от строки запроса, в которой выбрано поле для поиска. Если в открывшееся окошко *List values that match* введёте искомое слово, и, при необходимости, "*" на конце, то получите полную информацию о его встречаемости в данном поле в данном банке.

h3. 4. Сохраните полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате 

 * Вернитесь к наиболее подходящему запросу из задания 3. Для этого перейдите по ссылке *Results* из верхнего меню, отметьте галочкой нужный запрос из списка всех ваших запросов и *Return query*.  Если находок много (больше 10), то отметьте галочками 10 из них, желательно, действительно гомологичных (т.е. родственных)  вашему белку. Если находок мало (меньше 10), то ищите по БД Uniprot.  

 * См. инструкции по сохранению к заданию 2.

h3. 5. Сохраните список последовательностей из задания 4, в котором указаны ID, AC последовательностей, организм (Species), название белка (Description) и длина последовательности 

  * Вернитесь к стандартной форме запроса, введите тот же запрос (в вашей Таблице 3-1 он указан)

  * Ниже запроса в разделе *Create view* выберите нужные поля, *Search*

  * Если необходимо, отметьте те последовательность, которые были сохранены в fasta формате 

  * Сохраните результат: *Save*. Заказанный вами вид (view) таблицы будет называться SWISSPROT1 или как-то похоже. Сохраните этот вид в файле с подходящим названием и расширением .xls, он представляет из себя плоскую таблицу, которая открывается Excel.

На вашей html странице поставьте ссылку на полученный файл.

h2. Дополнительные задания 

h3. 6.Найдите и изучите страницу с описанием поля "Taxonomy" банка Swissprot 

 * В SRS на *Library Page* щелкните по названию банка. Откроется страница с описанием банка. В нижней части этой страницы имеется список полей; названия полей оформлены как гиперссылки на их описания.

 * Пользуясь возможностями, предоставляемыми этой страницей, ответьте на вопросы (ответы внесите в протокол): 

 ** Названия каких таксонов начинаются на "bacil"? 

 ** Сколько в банке Swissprot записей, описывающих белки из рода Bacillus? 

 ** Сколько в банке Swissprot записей, описывающих белки из отдела Firmicutes? 

h3. 7. Найдите записи SwissProt , связанные с научными интересами известного российского (советского)биолога А.А.Нейфаха 

  * Для тех записей, в которых Нейфах - автор первой публикации, сохраните табличку Excel, включающую описание белка; авторов, название и год публикации. 

  * Опишите научный интерес Нейфаха. 

  * Используйте следующие возможности SRS:

  ** включение символов '*' и '?' в слова запроса. 

  ** на странице запроса задание полей, выводимы в таблицу с результатом, см. задание 5 

  ** выбор находок для сохранения (checkbox): публикации, среди авторов которых нет Нейфаха, следует убрать из таблицы. 

  ** возможности сохранения (save)