Chem

Version 5 (Andrey Golovin, 11.09.2013 15:50)

1 1 Andrey Golovin
2 5 Andrey Golovin
h1. Структурная Биоинформатика (МФК)
3 1 Andrey Golovin
4 1 Andrey Golovin
5 1 Andrey Golovin
Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ
6 1 Andrey Golovin
7 1 Andrey Golovin
E-mail: golovin@genebee.msu.ru
8 1 Andrey Golovin
9 1 Andrey Golovin
10 1 Andrey Golovin
11 1 Andrey Golovin
{{toc}}
12 1 Andrey Golovin
13 1 Andrey Golovin
h2. Результаты работ.
14 1 Andrey Golovin
15 1 Andrey Golovin
16 1 Andrey Golovin
17 1 Andrey Golovin
h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».
18 1 Andrey Golovin
19 1 Andrey Golovin
# Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB
20 1 Andrey Golovin
# PyMol, инструмент визуализации структур.
21 4 Andrey Golovin
# Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)
22 1 Andrey Golovin
# Предсказание и определение вторичной структуры белка.
23 4 Andrey Golovin
# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
24 1 Andrey Golovin
# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
25 1 Andrey Golovin
# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
26 1 Andrey Golovin
# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
27 3 Andrey Golovin
# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
28 1 Andrey Golovin
# Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.
29 1 Andrey Golovin
30 1 Andrey Golovin
31 1 Andrey Golovin
h2. Презентации к лекциям
32 1 Andrey Golovin
33 1 Andrey Golovin
*Лекция 1.*  Строение белков. Структура и организация. {{dmsf(11, Презентация)}}
34 1 Andrey Golovin
35 1 Andrey Golovin
*Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. {{dmsf(12, Презентация)}}
36 1 Andrey Golovin
37 1 Andrey Golovin
**Лекция 3.** Предсказание вторичной структуры белка.{{dmsf(13, Презентация)}}
38 1 Andrey Golovin
39 1 Andrey Golovin
**Лекция 4.** Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. {{dmsf(14, Презентация)}}
40 1 Andrey Golovin
41 1 Andrey Golovin
**Лекция 5.** Молекулярная механика. Силовые поля. {{dmsf(15, Презентация)}}
42 1 Andrey Golovin
43 1 Andrey Golovin
**Лекция 6.** Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. {{dmsf(16, Презентация)}}
44 1 Andrey Golovin
45 1 Andrey Golovin
**Лекция 7.** Молекулярная динамика.{{dmsf(17, Презентация)}}
46 1 Andrey Golovin
47 1 Andrey Golovin
**Лекция 8.** Моделирование самосборки белка.{{dmsf(18, Презентация)}}
48 1 Andrey Golovin
49 1 Andrey Golovin
**Лекция 9.** Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.{{dmsf(19, Презентация)}}
50 1 Andrey Golovin
51 1 Andrey Golovin
**Лекция 10.** Базы данных: SCOP, CATH; соревнование CASP.{{dmsf(20, Презентация)}}
52 1 Andrey Golovin
53 1 Andrey Golovin
**Лекция 11.** Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.{{dmsf(21, Презентация)}}
54 1 Andrey Golovin
55 1 Andrey Golovin
**Лекция 12.** Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.{{dmsf(22, Презентация)}} / {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}}
56 1 Andrey Golovin
57 1 Andrey Golovin
h2. Домашние задания
58 1 Andrey Golovin
59 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task1| Занятие 1]]
60 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task2| Занятие 2]]
61 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task3| Занятие 3]]
62 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task4| Занятие 4]]
63 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task5| Занятие 5]]
64 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task6| Занятие 6]]
65 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task7| Занятие 7]] 
66 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task8| Занятие 8]] 
67 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task9| Занятие 9]] 
68 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task10| Занятие 10]]
69 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task12| Занятие 12]]
70 1 Andrey Golovin
71 1 Andrey Golovin
h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.
72 1 Andrey Golovin
73 1 Andrey Golovin
Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все. 
74 1 Andrey Golovin
75 1 Andrey Golovin
h2. Рекомендованная литература