Chem

Version 3 (Andrey Golovin, 26.03.2013 10:52)

1 1 Andrey Golovin
2 1 Andrey Golovin
h1. Структурная Биоинформатика (6ой курс ХПС МГУ)
3 1 Andrey Golovin
4 1 Andrey Golovin
5 1 Andrey Golovin
Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ
6 1 Andrey Golovin
7 1 Andrey Golovin
E-mail: golovin@genebee.msu.ru
8 1 Andrey Golovin
9 1 Andrey Golovin
10 1 Andrey Golovin
11 1 Andrey Golovin
{{toc}}
12 1 Andrey Golovin
13 1 Andrey Golovin
h2. Результаты работ.
14 1 Andrey Golovin
15 1 Andrey Golovin
16 1 Andrey Golovin
17 1 Andrey Golovin
h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».
18 1 Andrey Golovin
19 1 Andrey Golovin
# Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)
20 1 Andrey Golovin
# Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB
21 1 Andrey Golovin
# PyMol, инструмент визуализации структур.
22 1 Andrey Golovin
# Предсказание и определение вторичной структуры белка.
23 1 Andrey Golovin
# Молекулярная механика. Силовые поля.
24 1 Andrey Golovin
# Молекулярная динамика.
25 1 Andrey Golovin
# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
26 1 Andrey Golovin
# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
27 1 Andrey Golovin
# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
28 1 Andrey Golovin
# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
29 1 Andrey Golovin
# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
30 3 Andrey Golovin
# ?__?  Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
31 1 Andrey Golovin
# Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.
32 1 Andrey Golovin
33 1 Andrey Golovin
34 1 Andrey Golovin
h2. Презентации к лекциям
35 1 Andrey Golovin
36 1 Andrey Golovin
*Лекция 1.*  Строение белков. Структура и организация. {{dmsf(11, Презентация)}}
37 1 Andrey Golovin
38 1 Andrey Golovin
*Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. {{dmsf(12, Презентация)}}
39 1 Andrey Golovin
40 1 Andrey Golovin
**Лекция 3.** Предсказание вторичной структуры белка.{{dmsf(13, Презентация)}}
41 1 Andrey Golovin
42 1 Andrey Golovin
**Лекция 4.** Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. {{dmsf(14, Презентация)}}
43 1 Andrey Golovin
44 1 Andrey Golovin
**Лекция 5.** Молекулярная механика. Силовые поля. {{dmsf(15, Презентация)}}
45 1 Andrey Golovin
46 1 Andrey Golovin
**Лекция 6.** Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. {{dmsf(16, Презентация)}}
47 1 Andrey Golovin
48 1 Andrey Golovin
**Лекция 7.** Молекулярная динамика.{{dmsf(17, Презентация)}}
49 1 Andrey Golovin
50 1 Andrey Golovin
**Лекция 8.** Моделирование самосборки белка.{{dmsf(18, Презентация)}}
51 1 Andrey Golovin
52 1 Andrey Golovin
**Лекция 9.** Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.{{dmsf(19, Презентация)}}
53 1 Andrey Golovin
54 1 Andrey Golovin
**Лекция 10.** Базы данных: SCOP, CATH; соревнование CASP.{{dmsf(20, Презентация)}}
55 1 Andrey Golovin
56 1 Andrey Golovin
**Лекция 11.** Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.{{dmsf(21, Презентация)}}
57 1 Andrey Golovin
58 1 Andrey Golovin
**Лекция 12.** Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.{{dmsf(22, Презентация)}} / {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}}
59 1 Andrey Golovin
60 1 Andrey Golovin
h2. Домашние задания
61 1 Andrey Golovin
62 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task1| Занятие 1]]
63 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task2| Занятие 2]]
64 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task3| Занятие 3]]
65 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task4| Занятие 4]]
66 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task5| Занятие 5]]
67 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task6| Занятие 6]]
68 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task7| Занятие 7]] 
69 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task8| Занятие 8]] 
70 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task9| Занятие 9]] 
71 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task10| Занятие 10]]
72 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task12| Занятие 12]]
73 1 Andrey Golovin
74 1 Andrey Golovin
h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.
75 1 Andrey Golovin
76 1 Andrey Golovin
Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все. 
77 1 Andrey Golovin
78 1 Andrey Golovin
h2. Рекомендованная литература