Chem

Version 13 (Andrey Golovin, 02.10.2013 00:07)

1 1 Andrey Golovin
2 5 Andrey Golovin
h1. Структурная Биоинформатика (МФК)
3 1 Andrey Golovin
4 1 Andrey Golovin
5 1 Andrey Golovin
Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ
6 1 Andrey Golovin
7 1 Andrey Golovin
E-mail: golovin@genebee.msu.ru
8 1 Andrey Golovin
9 1 Andrey Golovin
10 1 Andrey Golovin
11 1 Andrey Golovin
{{toc}}
12 1 Andrey Golovin
13 1 Andrey Golovin
h2. Результаты работ.
14 1 Andrey Golovin
15 1 Andrey Golovin
16 1 Andrey Golovin
17 1 Andrey Golovin
h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».
18 1 Andrey Golovin
19 1 Andrey Golovin
# Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB
20 1 Andrey Golovin
# PyMol, инструмент визуализации структур.
21 4 Andrey Golovin
# Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)
22 1 Andrey Golovin
# Предсказание и определение вторичной структуры белка.
23 4 Andrey Golovin
# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
24 1 Andrey Golovin
# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
25 1 Andrey Golovin
# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
26 1 Andrey Golovin
# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
27 3 Andrey Golovin
# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
28 1 Andrey Golovin
# Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.
29 1 Andrey Golovin
30 1 Andrey Golovin
31 1 Andrey Golovin
h2. Презентации к лекциям
32 1 Andrey Golovin
33 8 Andrey Golovin
*Лекция 1.*  Строение белков. Структура и организация. {{dmsf(217, Презентация)}}
34 1 Andrey Golovin
35 8 Andrey Golovin
*Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. {{dmsf(218, Презентация)}}
36 1 Andrey Golovin
37 13 Andrey Golovin
*Лекция 3.*  Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go) {{dmsf(249, Презентация)}}
38 1 Andrey Golovin
39 6 Andrey Golovin
*Лекция 4.* Предсказание вторичной структуры белка.{{dmsf(13, Презентация)}}
40 1 Andrey Golovin
41 6 Andrey Golovin
*Лекция 5.* Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. {{dmsf(14, Презентация)}}
42 1 Andrey Golovin
43 6 Andrey Golovin
*Лекция 6.* Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. {{dmsf(16, Презентация)}}
44 1 Andrey Golovin
45 7 Andrey Golovin
*Лекция 7.* Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP.{{dmsf(17, Презентация)}}
46 1 Andrey Golovin
47 6 Andrey Golovin
*Лекция 8.* Моделирование самосборки белка.{{dmsf(18, Презентация)}}
48 1 Andrey Golovin
49 6 Andrey Golovin
*Лекция 9.* Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.{{dmsf(19, Презентация)}}
50 1 Andrey Golovin
51 6 Andrey Golovin
*Лекция 10.* Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.{{dmsf(22, Презентация)}} / {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}}
52 1 Andrey Golovin
53 1 Andrey Golovin
h2. Домашние задания
54 1 Andrey Golovin
55 9 Andrey Golovin
* [[Shad/Task1| Занятие 1]]   
56 10 Andrey Golovin
* [[Shad/Task2| Занятие 2]] 
57 10 Andrey Golovin
** [[Shad/Task2QA | Ответы на вопросы ]]
58 11 Andrey Golovin
* [[Chem/Task3| Занятие 3]]
59 11 Andrey Golovin
* [[Shad/Task3| Занятие 4]]
60 11 Andrey Golovin
* [[Shad/Task4| Занятие 5]]
61 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task6| Занятие 6]]
62 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task7| Занятие 7]] 
63 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task8| Занятие 8]] 
64 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task9| Занятие 9]] 
65 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task10| Занятие 10]]
66 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task12| Занятие 12]]
67 1 Andrey Golovin
68 1 Andrey Golovin
h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.
69 1 Andrey Golovin
70 1 Andrey Golovin
Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все. 
71 1 Andrey Golovin
72 1 Andrey Golovin
h2. Рекомендованная литература