Beamer
Version 6 (Andrey Golovin, 03.10.2013 00:52) → Version 7/10 (Andrey Golovin, 03.10.2013 01:01)
h1. Приёмы создания илюстраций в LATEX
> > Файлы и листинги которые я размещаю не идеальны, это рабочие файлы, которые делались часто на скорость.
h2. Приамбула
В большинстве случаев я использую некий шаблон постоянного содержания откуда указывается путь к файлу с содержимым. Если надо задать некоторые функции я их выношу в отдельный файл, как впрочем настройки стилей, так и пакеты для использования.
* Основной файл: attachment:prez.tex
* Функции: attachment:functions.tex
* Подключаемые пакеты: attachment:packages.tex
* Настроки стилей: attachment:header.sty
* Пример файла с содержимым: attachment:cont.tex
* Все растровые картинки располагаются в директории *./fig*
* Файлы для графиков располагаются в директории *./plot*
Для сборки всего в один pdf файл используется:
<code>
lualatex --shell-escape prez.tex
</code>
h2. Примеры
h3. Химические формулы (chemfig):
Номера атомов располагались с помощью невидимых связей
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
\begin{frame}{Основания}
\setatomsep{1.6em}%
\footnotesize \begin{tabular}{c c c c}
\chemfig{*6((-[5,0.5,,,draw=none]\color{blue}2)=N(-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}3)-
(-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}4)*6(
-\chembelow{N}{H}(-[6,1.0,,,draw=none]\color{blue}9)-
(-[7,0.5,,,draw=none]\color{blue}8)=N?(-[1,0.5,,,draw=none]\color{blue}7))
=?(-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}5)-(-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}6)
=N(-[3,0.5,,,draw=none]\color{blue}1)-[,,1])} &
\chemfig{*6((-[:-130]H_2N)=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(=[2]O)-HN-[,,2])}&
\chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(-[2]NH_2)=N-[,,1])}&~\\[1.0cm]-HN-[,,2])}&
\chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(-[2]NH_2)=N-[,,1])}&~\\[1.0cm]
Пурин&Гуанин&Аденин& \\[.2cm]
\hline\\[.2cm]
\chemfig{*6((-[5,0.5,,,draw=none]\color{blue}2)=N(-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}1)
-(-[7,0.5,,,draw=none]\color{blue}6)
=(-[1,0.5,,,draw=none]\color{blue}5)-(-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}4)=N(
-[3,0.6,,,draw=none]\color{blue}3)-)} &
\chemfig{*6((=[5]O)-\chembelow{N}{H}-=-(-[2]NH_2)=N-)} &
\chemfig{*6((=[5]O)-\chembelow{N}{H}-=-(=[2]O)-HN-[,,2])} &
\chemfig{*6((=[5]O)-\chembelow{N}{H}-=(-[1])-(=[2]O)-HN-[,,2])}
\\[1.0cm]
Пиримидин&Цитозин&Урацил&Тимин\\[.2cm]
\hline
\end{tabular}
\end{center}
\end{frame}</code></pre>| !nucl-5.png! |
Стерео связи и подписи:
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
\begin{frame}{Основания и остов}
\begin{center}
\begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}]
\node (2) at (6,5) {N-гликозидная связь};
\node (1) at (2,2) {%
\schemestart[][west]
\setatomsep{1.7em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
\small\chemfig{-[0]O-[0]-[6]?<[7](-[,,,,line
width=0.2em]>[1](-[2]OH)-[:160,1.3]O?)-[6]O
-[6]P(=[:-90]O)(-[4]\chemabove{O}{\hspace{1em}-})
-[0]O-[0]-[6]?[c2]<[7](-[,,,,line
width=0.2em]>[1](-[2]OH)-[:160,1.3]O?[c2])-[6]O-[6]
}
\arrow{-U>[ 2B ]}[0]
\setatomsep{1.7em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
\small\chemfig{-[0]O-[0]-[6]?<[7](-[,,,,line
width=0.2em]>[1](-[2]B)-[:160,1.3]O?)-[6]O
-[6]P(=[:-90]O)(-[4]\chemabove{O}{\hspace{1em}-})
-[0]O-[0]-[6]?[c2]<[7](-[,,,,line
width=0.2em]>[1](-[2]B)-[:160,1.3]O?[c2])-[6]O-[6]
}
\schemestop};
\draw [orange,thick](2.south east) -- (2.south);
\draw [->,orange,thick] (2.south east) -- (6,3.8);
\end{tikzpicture}
\end{center}
\end{frame}
</code></pre>| !nucl-6.png! |
h3. Формулы и объеткы tikz:
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
{Молекулярная динамика}
\begin{center}
\tiny
$$ U=\sum_{bonds}{ \frac{k_i}{2} ( l_i - l_0)^2} + \sum_{angles}{ \frac{k_i}{2} ( \phi_i - \phi_0)^2}
+ \sum_{torsions} { \frac{V_n}{2} (1 + cos(n\omega - \gamma))} + $$
$$ + \sum_{i=1}^N \sum_{j=i+1}^N \left ( 4 \epsilon_{ij} \left [ \left ( \frac{\sigma_{ij}}{r_{ij}}
\right )^{12} - \left ( \frac{\sigma_{ij}}{r_{ij}} \right )^6 \right ] +
\frac{q_i q_j}{ 4\pi \epsilon_0 r_{ij}} \right ) $$
\rule[0.5cm]{\linewidth}{1pt}
\begin{tikzpicture}[node distance=1cm, auto]
\tikzset{%
mynode/.style={rectangle,draw=brown, top color=blue!10,bottom color=blue!10 },
myarrow/.style={->, >=latex', shorten >=1pt, thick},
mylabel/.style={text width=7em, text centered}
}
\node (nGray) [mynode] at (0, 2.5)
{%
\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\footnotesize Расчёт силы, действующей на атом
\begin{center}
\normalsize
$ F_i= \sum_j F_{ij} $
\end{center}
\end{minipage}
};
\node (nRed) [mynode] at (3, 0)
{%
\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\footnotesize Расчёт новых координат
\normalsize
\begin{center}
$ \frac{\partial^2r_i}{\partial t^2}=\frac{F_i}{m_i} $ \\
$ \frac{\partial r_i}{\partial t} =v_i , \frac{\partial
v_i}{\partial t} = \frac{F_i}{m_i} $
\end{center}
\end{minipage}
};
\node[mylabel, below of=nGray] (label1) at (-1,2) {%
\begin{minipage}{0.1\textwidth}
\[ \Delta t \]
\end{minipage}
};
\draw [ color = red, ultra thick, -> ](nGray) |- (nRed);
\draw [ color = brown, ultra thick, -> ](nRed) |- (nGray);
\end{tikzpicture}
\end{center}
\end{frame}%
</code></pre>| !prez-11.png! |
h3. Изображение и объеткы tikz:
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
\begin{frame}%
{Система для моделирования}
\begin{tikzpicture}[xscale=1.0,yscale=1.0]
\node (ri) at (3,2 ) {\includegraphics[width=0.45\textwidth]{ribo.png}};
\node (cu) at (9,2) {\includegraphics[width=0.45\textwidth]{ribocube.png}};
\draw[thick,opacity=0.7] (2,1) rectangle (4,3);
\draw[thick] (cu.south west) rectangle (cu.north east);
\draw[dashed] (4,3) -- (cu.north west);
\draw[dashed] (4,1) -- (cu.south west);
\begin{scope}[fill opacity=.5,transparency group]
\node[thick,draw=black, fill=orange,opacity=0.5,circle,minimum size=1cm, radius=1.5]
at (cu.center) {~} ;
\end{scope}
\node at (cu.center){Lig};
\end{tikzpicture}
\end{frame}%
</code></pre>| !prez-12.png! |
h3. График функции и не только (pgfplot): только:
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
\begin{frame}%
{Конформационное равновесие}
\begin{center}
\schemestart
\setnodestyle{draw,rectangle,fill=red,minimum size=20pt}
\chemfig{P_2}
\arrow{<->>}
\setnodestyle{draw,circle,fill=yellow,minimum size=20pt}
\chemfig{P_1}
\schemestop
\hspace{3cm}~\par
\vspace{.75cm}
\begin{tikzpicture}[xscale=1.0,yscale=1.0]
%% Pot energy plot
\begin{axis}[height=7cm,width=15cm,
xmin=-300,xmax=400,ymin=-.2, hide x axis, hide y axis,
xlabel=$$, ylabel=$$]
\addplot+[raw gnuplot, draw=blue, mark=none, smooth,thick] gnuplot[id=m]{%
set xrange [-180:180]; plot 1-0.25*(1+cos(3*pi*x/180))- 0.25*(1+cos(2*pi*x/180)) };
\draw[dashed,thick,red,->] (axis cs:-150,.7) parabola bend (axis cs:-70,0.95)(axis cs:0,.7);
\addplot[->,thick] coordinates {(-180,0.33) (-150,0.33)};
\addplot[->,thick] coordinates {(-180,0.90) (-80,.90)};
\addplot[thick] coordinates {(-180,0.90) (-180,.70)};
\addplot[thick] coordinates {(-180,0.33) (-180,.52)};
\addplot[->,thick] coordinates {(90,0.33) (-120,0.33)};
\addplot[->,thick] coordinates {(90,0.00) (5,.00)};
\addplot[thick] coordinates {(90,0.33) (90,0.22)};
\addplot[thick] coordinates {(90,0) (90,.05)};
\node at (axis cs:-180,0.6) {$\Delta E_a$};
\node at (axis cs:90,0.16) {$\Delta G$};
\node at (axis cs:-140,0.25) {$P_2$};
\node at (axis cs:0,-0.1) {$P_1$};
\node at (axis cs:200,0.1){%
\Large{$\frac{[P_1]}{[P_2]}\sim e^{-\frac{\Delta G}{RT}}
$}
} ;
\node at (axis cs:200,-0.1){%
$\frac{1}{100}\sim $ \textit{5 кКал}} ;
\node at (axis cs:-180,0){%
\Large{$ k_v \sim e^{-\frac{\Delta E_a}{RT}}$}
};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{center}
\end{frame}%
</code></pre>| !prez-2.png! |
h3. Пример таблицы с указанием выравнивания текста (tabularx): текста:
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
\newcolumntype{P}[1]{>{\raggedright\arraybackslash}p{#1}}
\newcolumntype{Z}[1]{>{\raggedleft\arraybackslash}p{#1}}
\newcolumntype{Y}[1]{>{\centering\arraybackslash}p{#1}}
\newcolumntype{M}{>{$\vcenter\bgroup\hbox\bgroup}c<{\egroup\egroup$}}
\begin{frame}%
\tiny\begin{tabularx}{\textwidth}{P{3cm} P{3cm} P{4.0cm} }
\hline
Система&Исследуемый фактор&Результат\\
\hline
Четырёх тяжевой квадруплекс состоящий из двух G-квартетов с катионом калия в
центре. &
Влияние петель на стабильность G-стебля & G-стебль был стабилен в течении всех
700 наносекунд наблюдения \\
\hdashline
Четырёх тяжевой квадруплекс состоящий из двух G-квартетов без катиона в
центре\textsuperscript{*} & Роль катиона в стабилизации G-стебля. &
G-стебель потерял структуру в начале наблюдения \\
\hdashline
ЯМР модель с заменой катиона калия на катион натрия.& Влияние параметров
описания катиона на поведение стабильной структуры 15-ТВА и её геометрию &
Не замечено значительной разницы в поведении структуры в комплексе с разными
катионами.\\
\hdashline
ЯМР модель без катиона внутри квадруплекса & Влияние стабилизирующего иона на
структурную стабильность 15-ТВА. & Несмотря на высокую амплитуду флуктуаций,
модель сохранила квадруплексную структуру. На 72 нс. катион натрия из раствора
проник в центр квадруплекса через ТТ петли и стабилизировал молекулу до конца наблюдения.\\
\hdashline
ЯМР модель где основание Т9 ориентировано в раствор и не образует стэкинга с
верхним квартетом (TG(-T) ЯМР) & Способна ли ЯМР модель сохранить структуру если
только G8 из TGT петли образует стэкинг с G-квадруплексом?& Аптамер потерял
структуру квадруплекса, все квартеты потеряли геометрию, не смотря на наличие
пары Т4-Т13 в стартовой структуре \\
\hdashline
РСА модель, где основание Т9 образует стэкинг с G-квартетом (ТG(+T) РСА)& Может
ли стекинг взаимодействие одного основания сделать РСА модель стабильной? &
Модель проявила гораздо лучшую стабильность и сохраняла квадруплексную структуру
в течении 790 нс., в этот момент основания Т4 и Т13 образовали стекинг
взаимодействие, которое привело к нарушению планарности нижнего квартета и
квдруплексная геометрия была потеряна\\
\hline
\end{tabularx}
\end{frame}%
</code></pre>| !table.png! |
h3. Пример c визуализацией данных и картинкой на графике (pgfplot): графике:
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
\begin{frame}%
{Структуры ЯМР и РСА }
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0,
xlabel={время (нс)},
ylabel={ СКО РСА (нм)},
width=0.45\textwidth, height=8cm,
tick label style={font=\footnotesize},label style={font=\small}]
\addplot +[ color=black, mark=none] table [x expr=\thisrow{time}/1000,
y=rmsd] {plots/pic5_data.dat};
\addplot graphics [xmin=100,xmax=900,ymin=0.05,ymax=0.2]{plots/pic5_bitmap.png};
%\node (1) at (axis cs:500, 0.6) {\includegraphics[width=0.6\pgfplotswidth]{plots/pic_5b_bitmap.png}};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0, ymax=0.9 ,
xlabel={время (нс)},
yticklabel pos=right,
ylabel={ СКО ЯМР (нм)},
width=0.45\textwidth, height=8cm,
tick label style={font=\footnotesize},label style={font=\small}]
\addplot+[no markers, raw gnuplot,color=orange] gnuplot {%
set samples 1000;
plot "plots/nmrfftestrms.xvg" using ($1/1000):($2) smooth csplines with lines};
\addplot graphics [xmin=100,xmax=900,ymin=0.6,ymax=0.75]{pic_5b_bitmap.png};
% \node (1) at (axis cs:500, 0.2) {\includegraphics[width=0.6\pgfplotswidth]{plots/pic5_bitmap.png}};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{frame}%
</code></pre>| !prez-26.png! |
h3. Рисование чего-то в tikz и циклы в latex:
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
\pgfplotsset{every axis legend/.append style={
at={(0,-0.2)}, anchor=north}}
\begin{tikzpicture}[baseline]
\begin{axis}[
legend style={font=\tiny},
xbar,
xmin=0,xmax=1, ymin=0,ymax=40,hide x axis, bar width=0.4cm,
width=2.5cm, height=5cm
]
\addplot [draw=black,fill=orange] coordinates {(1,15.5) (1,20.5) };
\addlegendentry{Латеральные}
\addplot [draw=black,fill=green!50!blue] coordinates {(1,20) (1,25) (1,30) (1,35)};
\addlegendentry{Без петель}
\addplot [draw=black,fill=orange!50!black] coordinates {(.7,10) (.7,14.5) };
\addlegendentry{Диагональные}
\addplot [draw=black,fill=green!50!black] coordinates {(.7,24)};
\addlegendentry{Пропеллерные}
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\tikzstyle{chain} = [thick,orange,>=stealth]
\begin{tabular}{M M M M}
\begin{tikzpicture}
% stupido loopless parallel
\coordinate (A) at (0,0);
\coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5);
\coordinate (D) at (.5,.5);
\draw[chain,->] ([yshift=-0.1cm]D) -- ([yshift=0.5cm]D);
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain,->] ([yshift=-0.1cm]\k) -- ([yshift=0.5cm]\k);
}
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/11.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/11.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
&%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.8},baseline]
% Basket like diagonal-lateral
\coordinate (A) at (0,0); \coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5); \coordinate (D) at (.5,.5);
\draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
\draw[chain] (C) edge[bend left=90, min distance=.5cm] (D);
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
}
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[in=90,out=90, min distance=.5cm]
([yshift=0.3cm]D);
\draw[chain] (A) edge[bend right=90, min distance=.5cm] (B);
\end{tikzpicture}
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/3.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/3.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\\
\begin{tikzpicture}
% propellers
\coordinate (A) at (0,0);
\coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5);
\coordinate (D) at (.5,.5);
%%%% chains below
\draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]C) edge[bend right=20] (D);
%%%%% Plains
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
%%%%% Chains above
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
}
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]A) edge[bend left=20] (B);
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[bend left=20] (C);
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/5.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/5.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.8},baseline]
% TBA like
\coordinate (A) at (0,0);
\coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5);
\coordinate (D) at (.5,.5);
\draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
\draw[chain] (C) edge[bend left=90, min distance=.5cm] (D);
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
}
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[out=90,in=90,min distance=.7cm] ([yshift=0.3cm]C);
\draw[chain] (A) edge[bend right=90, min distance=.5cm] (B);
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/1.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/1.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\\
\begin{tikzpicture}
% two propellers
\coordinate (A) at (0,0);
\coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5);
\coordinate (D) at (.5,.5);
%%%% chains below
\draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
%%%%% Plains
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
%%%%% Chains above
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
}
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[bend left=20] (C);
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]A) edge[bend left=20] (D);
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/9.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/9.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
&%
\begin{tikzpicture}
% Two lateral
\coordinate (A) at (0,0);
\coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5);
\coordinate (D) at (.5,.5);
\draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
\draw[chain] (C) edge[bend left=90, min distance=.5cm] (D);
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
}
\draw[chain] (A) edge[bend right=90, min distance=.5cm] (B);
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/6.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/6.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\\
\begin{tikzpicture}
% Basket like
\coordinate (A) at (0,0); \coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5); \coordinate (D) at (.5,.5);
\draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
}
\draw[chain] (A) edge[bend right=70, min distance=.7cm] (C);
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[in=90,out=90, min distance=.5cm]
([yshift=0.3cm]D);
\end{tikzpicture}
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/8.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/8.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}
% TBA like with propeller
\coordinate (A) at (0,0);
\coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5);
\coordinate (D) at (.5,.5);
\draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
\draw[chain] (C) edge[bend left=90, min distance=.5cm] (D);
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
}
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[out=90,in=90,min distance=.7cm] ([yshift=0.3cm]C);
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]A) edge[bend left=20] (B);
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/2.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/2.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\\
\end{tabular}
</code></pre>| !prez-20.png! |
> > Файлы и листинги которые я размещаю не идеальны, это рабочие файлы, которые делались часто на скорость.
h2. Приамбула
В большинстве случаев я использую некий шаблон постоянного содержания откуда указывается путь к файлу с содержимым. Если надо задать некоторые функции я их выношу в отдельный файл, как впрочем настройки стилей, так и пакеты для использования.
* Основной файл: attachment:prez.tex
* Функции: attachment:functions.tex
* Подключаемые пакеты: attachment:packages.tex
* Настроки стилей: attachment:header.sty
* Пример файла с содержимым: attachment:cont.tex
* Все растровые картинки располагаются в директории *./fig*
* Файлы для графиков располагаются в директории *./plot*
Для сборки всего в один pdf файл используется:
<code>
lualatex --shell-escape prez.tex
</code>
h2. Примеры
h3. Химические формулы (chemfig):
Номера атомов располагались с помощью невидимых связей
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
\begin{frame}{Основания}
\setatomsep{1.6em}%
\footnotesize \begin{tabular}{c c c c}
\chemfig{*6((-[5,0.5,,,draw=none]\color{blue}2)=N(-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}3)-
(-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}4)*6(
-\chembelow{N}{H}(-[6,1.0,,,draw=none]\color{blue}9)-
(-[7,0.5,,,draw=none]\color{blue}8)=N?(-[1,0.5,,,draw=none]\color{blue}7))
=?(-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}5)-(-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}6)
=N(-[3,0.5,,,draw=none]\color{blue}1)-[,,1])} &
\chemfig{*6((-[:-130]H_2N)=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(=[2]O)-HN-[,,2])}&
\chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(-[2]NH_2)=N-[,,1])}&~\\[1.0cm]-HN-[,,2])}&
\chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(-[2]NH_2)=N-[,,1])}&~\\[1.0cm]
Пурин&Гуанин&Аденин& \\[.2cm]
\hline\\[.2cm]
\chemfig{*6((-[5,0.5,,,draw=none]\color{blue}2)=N(-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}1)
-(-[7,0.5,,,draw=none]\color{blue}6)
=(-[1,0.5,,,draw=none]\color{blue}5)-(-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}4)=N(
-[3,0.6,,,draw=none]\color{blue}3)-)} &
\chemfig{*6((=[5]O)-\chembelow{N}{H}-=-(-[2]NH_2)=N-)} &
\chemfig{*6((=[5]O)-\chembelow{N}{H}-=-(=[2]O)-HN-[,,2])} &
\chemfig{*6((=[5]O)-\chembelow{N}{H}-=(-[1])-(=[2]O)-HN-[,,2])}
\\[1.0cm]
Пиримидин&Цитозин&Урацил&Тимин\\[.2cm]
\hline
\end{tabular}
\end{center}
\end{frame}</code></pre>| !nucl-5.png! |
Стерео связи и подписи:
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
\begin{frame}{Основания и остов}
\begin{center}
\begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}]
\node (2) at (6,5) {N-гликозидная связь};
\node (1) at (2,2) {%
\schemestart[][west]
\setatomsep{1.7em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
\small\chemfig{-[0]O-[0]-[6]?<[7](-[,,,,line
width=0.2em]>[1](-[2]OH)-[:160,1.3]O?)-[6]O
-[6]P(=[:-90]O)(-[4]\chemabove{O}{\hspace{1em}-})
-[0]O-[0]-[6]?[c2]<[7](-[,,,,line
width=0.2em]>[1](-[2]OH)-[:160,1.3]O?[c2])-[6]O-[6]
}
\arrow{-U>[ 2B ]}[0]
\setatomsep{1.7em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
\small\chemfig{-[0]O-[0]-[6]?<[7](-[,,,,line
width=0.2em]>[1](-[2]B)-[:160,1.3]O?)-[6]O
-[6]P(=[:-90]O)(-[4]\chemabove{O}{\hspace{1em}-})
-[0]O-[0]-[6]?[c2]<[7](-[,,,,line
width=0.2em]>[1](-[2]B)-[:160,1.3]O?[c2])-[6]O-[6]
}
\schemestop};
\draw [orange,thick](2.south east) -- (2.south);
\draw [->,orange,thick] (2.south east) -- (6,3.8);
\end{tikzpicture}
\end{center}
\end{frame}
</code></pre>| !nucl-6.png! |
h3. Формулы и объеткы tikz:
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
{Молекулярная динамика}
\begin{center}
\tiny
$$ U=\sum_{bonds}{ \frac{k_i}{2} ( l_i - l_0)^2} + \sum_{angles}{ \frac{k_i}{2} ( \phi_i - \phi_0)^2}
+ \sum_{torsions} { \frac{V_n}{2} (1 + cos(n\omega - \gamma))} + $$
$$ + \sum_{i=1}^N \sum_{j=i+1}^N \left ( 4 \epsilon_{ij} \left [ \left ( \frac{\sigma_{ij}}{r_{ij}}
\right )^{12} - \left ( \frac{\sigma_{ij}}{r_{ij}} \right )^6 \right ] +
\frac{q_i q_j}{ 4\pi \epsilon_0 r_{ij}} \right ) $$
\rule[0.5cm]{\linewidth}{1pt}
\begin{tikzpicture}[node distance=1cm, auto]
\tikzset{%
mynode/.style={rectangle,draw=brown, top color=blue!10,bottom color=blue!10 },
myarrow/.style={->, >=latex', shorten >=1pt, thick},
mylabel/.style={text width=7em, text centered}
}
\node (nGray) [mynode] at (0, 2.5)
{%
\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\footnotesize Расчёт силы, действующей на атом
\begin{center}
\normalsize
$ F_i= \sum_j F_{ij} $
\end{center}
\end{minipage}
};
\node (nRed) [mynode] at (3, 0)
{%
\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\footnotesize Расчёт новых координат
\normalsize
\begin{center}
$ \frac{\partial^2r_i}{\partial t^2}=\frac{F_i}{m_i} $ \\
$ \frac{\partial r_i}{\partial t} =v_i , \frac{\partial
v_i}{\partial t} = \frac{F_i}{m_i} $
\end{center}
\end{minipage}
};
\node[mylabel, below of=nGray] (label1) at (-1,2) {%
\begin{minipage}{0.1\textwidth}
\[ \Delta t \]
\end{minipage}
};
\draw [ color = red, ultra thick, -> ](nGray) |- (nRed);
\draw [ color = brown, ultra thick, -> ](nRed) |- (nGray);
\end{tikzpicture}
\end{center}
\end{frame}%
</code></pre>| !prez-11.png! |
h3. Изображение и объеткы tikz:
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
\begin{frame}%
{Система для моделирования}
\begin{tikzpicture}[xscale=1.0,yscale=1.0]
\node (ri) at (3,2 ) {\includegraphics[width=0.45\textwidth]{ribo.png}};
\node (cu) at (9,2) {\includegraphics[width=0.45\textwidth]{ribocube.png}};
\draw[thick,opacity=0.7] (2,1) rectangle (4,3);
\draw[thick] (cu.south west) rectangle (cu.north east);
\draw[dashed] (4,3) -- (cu.north west);
\draw[dashed] (4,1) -- (cu.south west);
\begin{scope}[fill opacity=.5,transparency group]
\node[thick,draw=black, fill=orange,opacity=0.5,circle,minimum size=1cm, radius=1.5]
at (cu.center) {~} ;
\end{scope}
\node at (cu.center){Lig};
\end{tikzpicture}
\end{frame}%
</code></pre>| !prez-12.png! |
h3. График функции и не только (pgfplot): только:
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
\begin{frame}%
{Конформационное равновесие}
\begin{center}
\schemestart
\setnodestyle{draw,rectangle,fill=red,minimum size=20pt}
\chemfig{P_2}
\arrow{<->>}
\setnodestyle{draw,circle,fill=yellow,minimum size=20pt}
\chemfig{P_1}
\schemestop
\hspace{3cm}~\par
\vspace{.75cm}
\begin{tikzpicture}[xscale=1.0,yscale=1.0]
%% Pot energy plot
\begin{axis}[height=7cm,width=15cm,
xmin=-300,xmax=400,ymin=-.2, hide x axis, hide y axis,
xlabel=$$, ylabel=$$]
\addplot+[raw gnuplot, draw=blue, mark=none, smooth,thick] gnuplot[id=m]{%
set xrange [-180:180]; plot 1-0.25*(1+cos(3*pi*x/180))- 0.25*(1+cos(2*pi*x/180)) };
\draw[dashed,thick,red,->] (axis cs:-150,.7) parabola bend (axis cs:-70,0.95)(axis cs:0,.7);
\addplot[->,thick] coordinates {(-180,0.33) (-150,0.33)};
\addplot[->,thick] coordinates {(-180,0.90) (-80,.90)};
\addplot[thick] coordinates {(-180,0.90) (-180,.70)};
\addplot[thick] coordinates {(-180,0.33) (-180,.52)};
\addplot[->,thick] coordinates {(90,0.33) (-120,0.33)};
\addplot[->,thick] coordinates {(90,0.00) (5,.00)};
\addplot[thick] coordinates {(90,0.33) (90,0.22)};
\addplot[thick] coordinates {(90,0) (90,.05)};
\node at (axis cs:-180,0.6) {$\Delta E_a$};
\node at (axis cs:90,0.16) {$\Delta G$};
\node at (axis cs:-140,0.25) {$P_2$};
\node at (axis cs:0,-0.1) {$P_1$};
\node at (axis cs:200,0.1){%
\Large{$\frac{[P_1]}{[P_2]}\sim e^{-\frac{\Delta G}{RT}}
$}
} ;
\node at (axis cs:200,-0.1){%
$\frac{1}{100}\sim $ \textit{5 кКал}} ;
\node at (axis cs:-180,0){%
\Large{$ k_v \sim e^{-\frac{\Delta E_a}{RT}}$}
};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{center}
\end{frame}%
</code></pre>| !prez-2.png! |
h3. Пример таблицы с указанием выравнивания текста (tabularx): текста:
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
\newcolumntype{P}[1]{>{\raggedright\arraybackslash}p{#1}}
\newcolumntype{Z}[1]{>{\raggedleft\arraybackslash}p{#1}}
\newcolumntype{Y}[1]{>{\centering\arraybackslash}p{#1}}
\newcolumntype{M}{>{$\vcenter\bgroup\hbox\bgroup}c<{\egroup\egroup$}}
\begin{frame}%
\tiny\begin{tabularx}{\textwidth}{P{3cm} P{3cm} P{4.0cm} }
\hline
Система&Исследуемый фактор&Результат\\
\hline
Четырёх тяжевой квадруплекс состоящий из двух G-квартетов с катионом калия в
центре. &
Влияние петель на стабильность G-стебля & G-стебль был стабилен в течении всех
700 наносекунд наблюдения \\
\hdashline
Четырёх тяжевой квадруплекс состоящий из двух G-квартетов без катиона в
центре\textsuperscript{*} & Роль катиона в стабилизации G-стебля. &
G-стебель потерял структуру в начале наблюдения \\
\hdashline
ЯМР модель с заменой катиона калия на катион натрия.& Влияние параметров
описания катиона на поведение стабильной структуры 15-ТВА и её геометрию &
Не замечено значительной разницы в поведении структуры в комплексе с разными
катионами.\\
\hdashline
ЯМР модель без катиона внутри квадруплекса & Влияние стабилизирующего иона на
структурную стабильность 15-ТВА. & Несмотря на высокую амплитуду флуктуаций,
модель сохранила квадруплексную структуру. На 72 нс. катион натрия из раствора
проник в центр квадруплекса через ТТ петли и стабилизировал молекулу до конца наблюдения.\\
\hdashline
ЯМР модель где основание Т9 ориентировано в раствор и не образует стэкинга с
верхним квартетом (TG(-T) ЯМР) & Способна ли ЯМР модель сохранить структуру если
только G8 из TGT петли образует стэкинг с G-квадруплексом?& Аптамер потерял
структуру квадруплекса, все квартеты потеряли геометрию, не смотря на наличие
пары Т4-Т13 в стартовой структуре \\
\hdashline
РСА модель, где основание Т9 образует стэкинг с G-квартетом (ТG(+T) РСА)& Может
ли стекинг взаимодействие одного основания сделать РСА модель стабильной? &
Модель проявила гораздо лучшую стабильность и сохраняла квадруплексную структуру
в течении 790 нс., в этот момент основания Т4 и Т13 образовали стекинг
взаимодействие, которое привело к нарушению планарности нижнего квартета и
квдруплексная геометрия была потеряна\\
\hline
\end{tabularx}
\end{frame}%
</code></pre>| !table.png! |
h3. Пример c визуализацией данных и картинкой на графике (pgfplot): графике:
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
\begin{frame}%
{Структуры ЯМР и РСА }
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0,
xlabel={время (нс)},
ylabel={ СКО РСА (нм)},
width=0.45\textwidth, height=8cm,
tick label style={font=\footnotesize},label style={font=\small}]
\addplot +[ color=black, mark=none] table [x expr=\thisrow{time}/1000,
y=rmsd] {plots/pic5_data.dat};
\addplot graphics [xmin=100,xmax=900,ymin=0.05,ymax=0.2]{plots/pic5_bitmap.png};
%\node (1) at (axis cs:500, 0.6) {\includegraphics[width=0.6\pgfplotswidth]{plots/pic_5b_bitmap.png}};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0, ymax=0.9 ,
xlabel={время (нс)},
yticklabel pos=right,
ylabel={ СКО ЯМР (нм)},
width=0.45\textwidth, height=8cm,
tick label style={font=\footnotesize},label style={font=\small}]
\addplot+[no markers, raw gnuplot,color=orange] gnuplot {%
set samples 1000;
plot "plots/nmrfftestrms.xvg" using ($1/1000):($2) smooth csplines with lines};
\addplot graphics [xmin=100,xmax=900,ymin=0.6,ymax=0.75]{pic_5b_bitmap.png};
% \node (1) at (axis cs:500, 0.2) {\includegraphics[width=0.6\pgfplotswidth]{plots/pic5_bitmap.png}};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{frame}%
</code></pre>| !prez-26.png! |
h3. Рисование чего-то в tikz и циклы в latex:
|_.Код |_. Результат |
|<pre><code>
\pgfplotsset{every axis legend/.append style={
at={(0,-0.2)}, anchor=north}}
\begin{tikzpicture}[baseline]
\begin{axis}[
legend style={font=\tiny},
xbar,
xmin=0,xmax=1, ymin=0,ymax=40,hide x axis, bar width=0.4cm,
width=2.5cm, height=5cm
]
\addplot [draw=black,fill=orange] coordinates {(1,15.5) (1,20.5) };
\addlegendentry{Латеральные}
\addplot [draw=black,fill=green!50!blue] coordinates {(1,20) (1,25) (1,30) (1,35)};
\addlegendentry{Без петель}
\addplot [draw=black,fill=orange!50!black] coordinates {(.7,10) (.7,14.5) };
\addlegendentry{Диагональные}
\addplot [draw=black,fill=green!50!black] coordinates {(.7,24)};
\addlegendentry{Пропеллерные}
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\tikzstyle{chain} = [thick,orange,>=stealth]
\begin{tabular}{M M M M}
\begin{tikzpicture}
% stupido loopless parallel
\coordinate (A) at (0,0);
\coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5);
\coordinate (D) at (.5,.5);
\draw[chain,->] ([yshift=-0.1cm]D) -- ([yshift=0.5cm]D);
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain,->] ([yshift=-0.1cm]\k) -- ([yshift=0.5cm]\k);
}
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/11.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/11.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
&%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.8},baseline]
% Basket like diagonal-lateral
\coordinate (A) at (0,0); \coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5); \coordinate (D) at (.5,.5);
\draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
\draw[chain] (C) edge[bend left=90, min distance=.5cm] (D);
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
}
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[in=90,out=90, min distance=.5cm]
([yshift=0.3cm]D);
\draw[chain] (A) edge[bend right=90, min distance=.5cm] (B);
\end{tikzpicture}
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/3.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/3.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\\
\begin{tikzpicture}
% propellers
\coordinate (A) at (0,0);
\coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5);
\coordinate (D) at (.5,.5);
%%%% chains below
\draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]C) edge[bend right=20] (D);
%%%%% Plains
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
%%%%% Chains above
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
}
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]A) edge[bend left=20] (B);
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[bend left=20] (C);
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/5.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/5.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.8},baseline]
% TBA like
\coordinate (A) at (0,0);
\coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5);
\coordinate (D) at (.5,.5);
\draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
\draw[chain] (C) edge[bend left=90, min distance=.5cm] (D);
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
}
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[out=90,in=90,min distance=.7cm] ([yshift=0.3cm]C);
\draw[chain] (A) edge[bend right=90, min distance=.5cm] (B);
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/1.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/1.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\\
\begin{tikzpicture}
% two propellers
\coordinate (A) at (0,0);
\coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5);
\coordinate (D) at (.5,.5);
%%%% chains below
\draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
%%%%% Plains
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
%%%%% Chains above
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
}
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[bend left=20] (C);
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]A) edge[bend left=20] (D);
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/9.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/9.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
&%
\begin{tikzpicture}
% Two lateral
\coordinate (A) at (0,0);
\coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5);
\coordinate (D) at (.5,.5);
\draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
\draw[chain] (C) edge[bend left=90, min distance=.5cm] (D);
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
}
\draw[chain] (A) edge[bend right=90, min distance=.5cm] (B);
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/6.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/6.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\\
\begin{tikzpicture}
% Basket like
\coordinate (A) at (0,0); \coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5); \coordinate (D) at (.5,.5);
\draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
}
\draw[chain] (A) edge[bend right=70, min distance=.7cm] (C);
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[in=90,out=90, min distance=.5cm]
([yshift=0.3cm]D);
\end{tikzpicture}
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/8.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/8.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}
% TBA like with propeller
\coordinate (A) at (0,0);
\coordinate (B) at (1.0,0);
\coordinate (C) at (1.5,.5);
\coordinate (D) at (.5,.5);
\draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
\draw[chain] (C) edge[bend left=90, min distance=.5cm] (D);
\begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
\foreach \i in {0cm,0.3cm} {
\draw[fill=gray,opacity=0.5]
([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
}
\end{scope}
\foreach \k in {A,B,C} {
\draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
}
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[out=90,in=90,min distance=.7cm] ([yshift=0.3cm]C);
\draw[chain] ([yshift=0.3cm]A) edge[bend left=20] (B);
\end{tikzpicture}%
&
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={угол, град},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white] table {%
plots/acta/2.dist.twist};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
\begin{axis}[
yticklabel pos=right,
xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
%ylabel={N, шт.},
xlabel={планарность,\AA},
width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
\addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white] table {%
plots/acta/2.dist.plane};
\end{axis}
\end{tikzpicture}%
\\
\end{tabular}
</code></pre>| !prez-20.png! |