Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

{{toc}}

h1. Использование GNU parallel

Итак, есть задача по запуску счёта для некоторого количества задач.

Чаще всего используется скрипт с циклом:

<pre>

for i in $(seq 0 6);do

#    mkdir model_${i}

##    remove OXT and H1-H2, rename H3 to H in original autodock pdb

    echo "save model_${i}/pep.pdb, all, $i"

    cat flex_short.pdb   model_${i}/pep.pdb > model_${i}/compl.pdb

 cd model_${i}     

     FlexPepDocking.linuxgccrelease -s compl.pdb  -flexpep_prepack  -ex1 -ex2aro \

     -peptide_chain A -receptor_chain H >& log.prepack 

     FlexPepDocking.linuxgccrelease -s compl_0001.pdb -receptor_chain H  -peptide_chain A \

     -out:file:silent decoys.silent -out:file:silent_struct_type binary \

     -pep_refine -ex1 -ex2aro -use_input_sc  -nstruct 300  >& log.run &

 cd ..    

done

</pre>

Часто, в ходе работы надо коментировать некторые строки, так как эти задачи уже выполнены. Так же не плохо бы было реализовать эффективное использование всех вычмслительных ядер компьютера.

Давайте я предложу несколько примеров как эти шаги можно эффективно реализовать с GNU parallel:

h5. Сделать N директорий:

<pre>

parallel --gnu mkdir model_{1} ::: {1..6}

or

export n=6 

parallel --gnu mkdir model_{1} ::: $(seq 1 $n)

</pre>

h5. Генерация скрипта для Pymol

<pre>

parallel --gnu  echo "save model_{1}/pep.pdb, all, {1}"  ::: $(seq 1 $n) > run.pml

</pre>

h5. Склеить файлы:

<pre>

parallel --gnu cat flex_short.pdb model_${1}/pep.pdb > model_${1}/compl.pdb ::: $(seq 1 $n)

</pre>

h5. Запуск задач по prepacking на восьми ядрах:

<pre>

parallel --gnu -j8 "cd model_{1} ; FlexPepDocking.linuxgccrelease @../flags.prepack -overwrite >& log.prepack" ::: $(seq 1 $n)

</pre>

h5. Можно подавать функции bash на исполнение:

<pre>

export SHELL=$(type -p bash)

prepack() {  

      cd model_${1}

      FlexPepDocking.linuxgccrelease @../flags.prepack -overwrite >& log.prepack 

}

n=9

export -f prepack 

parallel -j6   prepack ::: $(seq 1 $n)

</pre>

Итак весь скрипт можно представить как набор однострочных команд исполняюшихся паралельно:

<pre>

#!/bin/bash

export SHELL=$(type -p bash)

prepack() {  

cd model_${1}

      FlexPepDocking.linuxgccrelease @../flags.prepack -overwrite >& log.prepack 

}

refine() {  

cd model_${1}

      FlexPepDocking.linuxgccrelease @../flags.refine -overwrite >& log.refine 

}

export -f prepack refine

n=9

parallel --gnu mkdir model_{1} ::: $(seq 1 $n)

parallel --gnu  echo "save model_{1}/pep.pdb, all, {1}"  ::: $(seq 1 $n) > run.pml

parallel --gnu  cat flex_short.pdb model_{1}/pep.pdb > model_{1}/compl.pdb ::: $(seq 1 $n)

parallel --gnu -j6 prepack ::: $(seq 1 $n)

parallel --gnu -j6 refine ::: $(seq 1 $n)

</pre>

h1.  Awk hacks

h2.  Способ экстракции MODEL из pdb, RS - record sparator

<pre>

extract_model(){

file=$1

fr=$(($2+1))

awk -v f="$fr" '(NR == f){print "MODEL", $0}' RS="MODEL" $1 | egrep "(^ATOM|^MODEL)"

}

</pre>