• Использование GNU parallel
• Awk hacks
  • Способ экстракции MODEL из pdb, RS - record sparator

Использование GNU parallel¶

Итак, есть задача по запуску счёта для некоторого количества задач.
Чаще всего используется скрипт с циклом:

for i in $(seq 0 6);do
#    mkdir model_${i}
##    remove OXT and H1-H2, rename H3 to H in original autodock pdb
    echo "save model_${i}/pep.pdb, all, $i" 
    cat flex_short.pdb   model_${i}/pep.pdb > model_${i}/compl.pdb
 cd model_${i}     
     FlexPepDocking.linuxgccrelease -s compl.pdb  -flexpep_prepack  -ex1 -ex2aro \
     -peptide_chain A -receptor_chain H >& log.prepack 
     FlexPepDocking.linuxgccrelease -s compl_0001.pdb -receptor_chain H  -peptide_chain A \
     -out:file:silent decoys.silent -out:file:silent_struct_type binary \
     -pep_refine -ex1 -ex2aro -use_input_sc  -nstruct 300  >& log.run &
 cd ..    
done

Часто, в ходе работы надо коментировать некторые строки, так как эти задачи уже выполнены. Так же не плохо бы было реализовать эффективное использование всех вычмслительных ядер компьютера.

Давайте я предложу несколько примеров как эти шаги можно эффективно реализовать с GNU parallel:

Сделать N директорий:¶

parallel --gnu mkdir model_{1} ::: {1..6}
or
export n=6 
parallel --gnu mkdir model_{1} ::: $(seq 1 $n)

Генерация скрипта для Pymol¶

parallel --gnu  echo "save model_{1}/pep.pdb, all, {1}"  ::: $(seq 1 $n) > run.pml

Склеить файлы:¶

parallel --gnu cat flex_short.pdb model_${1}/pep.pdb > model_${1}/compl.pdb ::: $(seq 1 $n)

Запуск задач по prepacking на восьми ядрах:¶

parallel --gnu -j8 "cd model_{1} ; FlexPepDocking.linuxgccrelease @../flags.prepack -overwrite >& log.prepack" ::: $(seq 1 $n)

Можно подавать функции bash на исполнение:¶

export SHELL=$(type -p bash)

prepack() {  
      cd model_${1}
      FlexPepDocking.linuxgccrelease @../flags.prepack -overwrite >& log.prepack 
}

n=9

export -f prepack 

parallel -j6   prepack ::: $(seq 1 $n)

Итак весь скрипт можно представить как набор однострочных команд исполняюшихся паралельно:

#!/bin/bash
export SHELL=$(type -p bash)

prepack() {  
cd model_${1}
      FlexPepDocking.linuxgccrelease @../flags.prepack -overwrite >& log.prepack 
}
refine() {  
cd model_${1}
      FlexPepDocking.linuxgccrelease @../flags.refine -overwrite >& log.refine 
}

export -f prepack refine

n=9

parallel --gnu mkdir model_{1} ::: $(seq 1 $n)

parallel --gnu  echo "save model_{1}/pep.pdb, all, {1}"  ::: $(seq 1 $n) > run.pml

parallel --gnu  cat flex_short.pdb model_{1}/pep.pdb > model_{1}/compl.pdb ::: $(seq 1 $n)

parallel --gnu -j6 prepack ::: $(seq 1 $n)

parallel --gnu -j6 refine ::: $(seq 1 $n)

Awk hacks¶

Способ экстракции MODEL из pdb, RS - record sparator¶

extract_model(){
file=$1
fr=$(($2+1))
awk -v f="$fr" '(NR == f){print "MODEL", $0}' RS="MODEL" $1 | egrep "(^ATOM|^MODEL)" 
}