Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Анализ результатов моделирование перехода А-формы ДНК в В-форму в воде. 

Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out..., точки замените на номер задачи. 

Исправим влияние pdc на двух цепочечную молекулу:

<pre>

mv dna_md.xtc dna_md_or.xtc

trjconv -f v_md_or.xtc -s dna_md -o dna_md.xtc -pbc whole

<\pre>

* Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DNA.

<pre>

       trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol

</pre>      

    Откройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:

<pre>

       trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans

</pre>      

* Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходит образование B-формы. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.

* Определите средне-квадратичное отколнение в ходе моделирования. Так как у нас происходит конформационный переход сначала расчитаем отклонение в ходе все симуляции относительно стартовой структуры.

<pre>

       g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_1

</pre>      

    И относительно каждой предидущей структуры на растоянии 400 кадров. Если ближе к концу закончился конформационный переход, то отколнение должно уменьшаться.

<pre>

       g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_2 -prev 400

</pre>      

* Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе конформационного перехода.

<pre>

       g_sas -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o sas_dna.xvg

</pre>      

    Постройте зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода из В в А.

* Традиционным анализом для ДНК является расчёт колчества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между ДНК и ДНК, то это будут водородные связи между цепями ДНК. Для конца траектории:

<pre>

       g_hbond  -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna

</pre>      

*    Не менее интересно будет изучить количество вдородных связей ДНК-Вода

<pre>

       g_hbond  -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna_sol 

</pre>      

    Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об количестве водородных связей в этом дуплексе, соотвествует ли это каноническим представлениям? Как влияет конформационный переход на количество водородных связей с водой?. Cделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода из В в А. 

h3. Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчёте и должны сопровождаться обсуждением и выводами