A2bAnalysis

Version 2 (Andrey Golovin, 26.03.2016 11:11)

1 1 Andrey Golovin
2 1 Andrey Golovin
3 1 Andrey Golovin
h1. Анализ результатов моделирование перехода А-формы ДНК в В-форму в воде. 
4 1 Andrey Golovin
5 2 Andrey Golovin
Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out..., точки замените на номер задачи. 
6 2 Andrey Golovin
7 2 Andrey Golovin
Исправим влияние pdc на двух цепочечную молекулу:
8 2 Andrey Golovin
<pre>
9 2 Andrey Golovin
mv dna_md.xtc dna_md_or.xtc
10 2 Andrey Golovin
trjconv -f v_md_or.xtc -s dna_md -o dna_md.xtc -pbc whole
11 2 Andrey Golovin
<\pre>
12 1 Andrey Golovin
13 1 Andrey Golovin
* Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DNA.
14 1 Andrey Golovin
15 1 Andrey Golovin
<pre>
16 1 Andrey Golovin
       trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol
17 1 Andrey Golovin
</pre>      
18 1 Andrey Golovin
    Откройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:
19 1 Andrey Golovin
20 1 Andrey Golovin
<pre>
21 1 Andrey Golovin
       trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans
22 1 Andrey Golovin
</pre>      
23 1 Andrey Golovin
24 1 Andrey Golovin
* Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходит образование B-формы. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.
25 1 Andrey Golovin
* Определите средне-квадратичное отколнение в ходе моделирования. Так как у нас происходит конформационный переход сначала расчитаем отклонение в ходе все симуляции относительно стартовой структуры.
26 1 Andrey Golovin
<pre>
27 1 Andrey Golovin
       g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_1
28 1 Andrey Golovin
</pre>      
29 1 Andrey Golovin
    И относительно каждой предидущей структуры на растоянии 400 кадров. Если ближе к концу закончился конформационный переход, то отколнение должно уменьшаться.
30 1 Andrey Golovin
<pre>
31 1 Andrey Golovin
       g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_2 -prev 400
32 1 Andrey Golovin
</pre>      
33 1 Andrey Golovin
* Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе конформационного перехода.
34 1 Andrey Golovin
<pre>
35 1 Andrey Golovin
       g_sas -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o sas_dna.xvg
36 1 Andrey Golovin
</pre>      
37 1 Andrey Golovin
    Постройте зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода из В в А.
38 1 Andrey Golovin
* Традиционным анализом для ДНК является расчёт колчества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между ДНК и ДНК, то это будут водородные связи между цепями ДНК. Для конца траектории:
39 1 Andrey Golovin
<pre>
40 1 Andrey Golovin
       g_hbond  -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna
41 1 Andrey Golovin
</pre>      
42 1 Andrey Golovin
*    Не менее интересно будет изучить количество вдородных связей ДНК-Вода
43 1 Andrey Golovin
<pre>
44 1 Andrey Golovin
       g_hbond  -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna_sol 
45 1 Andrey Golovin
</pre>      
46 1 Andrey Golovin
    Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об количестве водородных связей в этом дуплексе, соотвествует ли это каноническим представлениям? Как влияет конформационный переход на количество водородных связей с водой?. Cделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода из В в А. 
47 1 Andrey Golovin
48 1 Andrey Golovin
h3. Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчёте и должны сопровождаться обсуждением и выводами