Использование PyMol и ipython notebook на shadbox

  1. Зайдите на kodomo, в Linux:

     ssh -Y -p 22025 shad@vsb.fbb.msu.ru

    В Windows:

     plink -ssh -X -p 22025 shad@vsb.fbb.msu.ru

  2. Перейдите в рабочую директорию и запустите ipython notebook:

     jupiter notebook --no-browser

    Вы увидете среди прочего надпись типа :

     The IPython Notebook is running at: http://127.0.0.1:8888

  3. Надо запомнить номер порта, в даном случае это 8888 и создать тоннель в новом окне на рабочей машине в Linux:

     ssh -L 8888:localhost:XXXX shad@vsb.fbb.msu.ru

    В Windows:

     plink -ssh -L  8888:localhost:XXXX shad@vsb.fbb.msu.ru

    Где ХХХХ это номер порта выведенный при запуске IPython Notebook

  4. Запустите browser и введите адрес localhost:8888

In [1]:
from xmlrpclib import ServerProxy
from IPython.display import Image
import os, sys
In [ ]:
# pymol launching
import __main__

__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-x' ]

### Если вывод в графическое окно тормозит или не нужен, то:
##__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-cp' ]


import pymol
 
pymol.finish_launching()
 
from pymol import cmd

### Информацию об ошибках можно смотреть там где запускали  ipython notebook
In [3]:
### Будем вставлять файлы изображений 

from IPython.display import Image
In [10]:
cmd.delete('all')
cmd.fetch('1lmp')
In [24]:
## А можно не париться c cmd
cmd.do('''
bg_color white
remove solvent
extract ligands,het
as surface, 1lmp
set transparency,0.5
as sticks, ligands
show stick, byres(1lmp w. 4 of ligands)
center ligands
origin ligands
zoom ligands
dist hbo,1lmp,ligands,3.2,mode=2
ray
png pic1.png
''')
In [25]:
## Если не хотим указывать полный путь к файлу то:
Image(filename='pic1.png')
Out[25]:

.......

Profit!!