Рудаков Кирилл

Практическое задание № 2

⌦1

✔︎Были оценены возможности Sculpting, в Wizard->Demo->Sculpting

⌦2

Найдем водородные связи, которыми белок связывает лиганд.

import time
import __main__
import os
import pymol
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-cp' ]
pymol.finish_launching()
from pymol import cmd
from IPython.display import Image, display, HTML

def prepareImage(width=800, height=500, sleep=1, filename='img.png'):
    cmd.ray(width, height)
    cmd.png(filename)
    time.sleep(sleep)

cmd.reinitialize()
cmd.fetch("1LMP", async=0)
prepareImage()
Image('img.png')

Убираемм атомы воды и добавляем водороды

cmd.remove("solvent")
cmd.extract("ligands", "het")
cmd.show_as('sticks', 'ligand')
cmd.h_add('all') 
cmd.distance('hbonds', 'all', 'ligand', 3.2, 2)

2.889749526977539

prepareImage()
Image('img.png')

Связи между лигандом и активным центром белка могут быть как нековалентными (ионными, водородными, гидрофобными), так и ковалентными. Часто активный центр формируется таким образом, что доступ воды к функциональным группам его радикалов ограничен, т.е. создаются условия для связывания лиганда с радикалами аминокислот.

⌦3

TYR->LEU

cmd.color('purple','resi 62')
cmd.label('n. CA and i. 62', 'resn, resi')

prepareImage()
Image('img.png')

cmd.wizard("mutagenesis")
cmd.do("refresh_wizard")
cmd.get_wizard().set_mode("LEU")
cmd.get_wizard().do_select("62/")
cmd.get_wizard().apply()

prepareImage()
Image('img.png')

cmd.select('active_site', '1lmp within 3.2 of ligand')
cmd.label('active_site', 'resn, resi')
cmd.set('label_color', 'yellow', 'active_site')

prepareImage()
Image('img.png')