Activity

From 14.12.2021 to 12.01.2022

19:21 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Для S-изомера все получилось, с ним работала в новой папке
/home/domain/rachkovanastya/PGM_S_start
Anastasia Rachkova
17:59 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Переделала все еще раз, подкорректировала воду, в который сомневалась в прошлый раз. Но снова при запуске gmx mdrun -... Anastasia Rachkova

02:35 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Что есть:
прочитала статьи.
для R-изомера еще раз заново сделала файл белка, поправила руками Asn, Gln, His. Сделал... Anastasia Rachkova

15:50 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: При выполнении
*gmx grompp -f em.mdp -c 3GP5_ions.gro -p topol.top -o em.tpr*
возникла сдедующая ошибка:
Fatal er... Anastasia Rachkova

12:13 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Важные моменты:
В файле complex.gro лучше сразу ставить атомы лиганда сразу после белка и перед водой, все атомы дол... Anastasia Rachkova

16:35 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Этот момент в файле вроде не касается даже аминоксилот и прочего, но я как-то не рискнула просто удалить эту строчку ... Anastasia Rachkova
16:31 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Добрый вечер!
Я продвинулась дальше, но снова наткнулась на неочевидную ошибку при запуске команды:
gmx grompp -f ... Anastasia Rachkova

14:18 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Локально (только на этой неделе) переношу время работы над проектом с сегодня (среда) но четверг. Anastasia Rachkova

21:59 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: О, спасибо большое за инструкцию!
Я сделала рабочий файл-таки, пришлось сначала фиксить его без фосфогистидина, а по... Anastasia Rachkova

11:12 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Вы можете сами такие вещи смотреть.
Отсылаю к этой части обсуджения: export GMXLIB=/home/domain/data/zlobin/gmxlib
... Alexander Zlobin

23:32 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Попробовала еще раз, ошибка следующая:
_Fatal error:
Atom O1 in residue H2E 9 was not found in rtp entry H2E with... Anastasia Rachkova
23:30 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Точное время для лабораторной работы до конца января:
Понедельник 12:30 - 14:00
Среда 14:00 - 16:30
Суббота либо 1... Anastasia Rachkova
16:57 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Потому что у остатка HIE нет никаких кислородов. Они есть у остатка H2E. Это совсем разные остатки.
Сейчас ошибка го... Alexander Zlobin

22:52 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: С тирозином это я и сама запуталась, извините. А вот с O3 не поняла, там же действительно 3 кислорода, почему не долж... Anastasia Rachkova
22:45 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: А еще я разобралась-таки с исходным pdb. Исправила название атома, убрала этот TER и сделала фосфатную группу частью ... Anastasia Rachkova
22:42 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Добрый вечер! Пишу про сроки проекта. На самом деле я не так уж и отклонилась от исходного плана: в декабре сделать с... Anastasia Rachkova

01:23 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Такими темпами мы никуда не уедем. Либо пересмотри свои приоритеты, либо я забираю проект, он с 2022 года становится ... Alexander Zlobin
01:07 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Выпал на неделю, не трогал системы. Решил действовать по твоему алгоритму(выравнивал по боковым цепям). Телепортации ... Egor Ilin

Also available in: Atom