Redmine

29.12.2021

12:13 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Важные моменты:
В файле complex.gro лучше сразу ставить атомы лиганда сразу после белка и перед водой, все атомы дол... Anastasia Rachkova

25.12.2021

16:35 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Этот момент в файле вроде не касается даже аминоксилот и прочего, но я как-то не рискнула просто удалить эту строчку ... Anastasia Rachkova

16:31 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Добрый вечер!
Я продвинулась дальше, но снова наткнулась на неочевидную ошибку при запуске команды:
gmx grompp -f ... Anastasia Rachkova

22.12.2021

14:18 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Локально (только на этой неделе) переношу время работы над проектом с сегодня (среда) но четверг. Anastasia Rachkova

18.12.2021

21:59 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

О, спасибо большое за инструкцию!
Я сделала рабочий файл-таки, пришлось сначала фиксить его без фосфогистидина, а по... Anastasia Rachkova

17.12.2021

11:12 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Вы можете сами такие вещи смотреть.
Отсылаю к этой части обсуджения: export GMXLIB=/home/domain/data/zlobin/gmxlib
... Alexander Zlobin

16.12.2021

23:32 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Попробовала еще раз, ошибка следующая:
_Fatal error:
Atom O1 in residue H2E 9 was not found in rtp entry H2E with... Anastasia Rachkova

23:30 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Точное время для лабораторной работы до конца января:
Понедельник 12:30 - 14:00
Среда 14:00 - 16:30
Суббота либо 1... Anastasia Rachkova

16:57 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Потому что у остатка HIE нет никаких кислородов. Они есть у остатка H2E. Это совсем разные остатки.
Сейчас ошибка го... Alexander Zlobin

15.12.2021

22:52 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

С тирозином это я и сама запуталась, извините. А вот с O3 не поняла, там же действительно 3 кислорода, почему не долж... Anastasia Rachkova

22:45 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

А еще я разобралась-таки с исходным pdb. Исправила название атома, убрала этот TER и сделала фосфатную группу частью ... Anastasia Rachkova

22:42 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Добрый вечер! Пишу про сроки проекта. На самом деле я не так уж и отклонилась от исходного плана: в декабре сделать с... Anastasia Rachkova

13.12.2021

01:23 Плазмин Production #448: Стартовые системы

Такими темпами мы никуда не уедем. Либо пересмотри свои приоритеты, либо я забираю проект, он с 2022 года становится ... Alexander Zlobin

01:07 Плазмин Production #448: Стартовые системы

Выпал на неделю, не трогал системы. Решил действовать по твоему алгоритму(выравнивал по боковым цепям). Телепортации ... Egor Ilin

16:02 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Каким тирозином?... Я что-то совершенно запутался. Не надо использовать никакой pdbfixer, он ничего не знает про фосф... Alexander Zlobin

15:49 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Интересно, когда я пофиксила pdbfixer'ом созданный мною файл, там реально получился какой-то треш. Сейчас пробую сдел... Anastasia Rachkova

14:47 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Ну он тут все говорит прямо. В его рецепте для остатка HIE (в данном случае Ц-концевого HIE - кстати, проверь, должен... Alexander Zlobin

14:43 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Забавно, когда делала первый раз - у него была ошибка на Met1, сейчас такая:
_Fatal error:
Atom O3 in residue HIS 9... Anastasia Rachkova

11.12.2021

13:59 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

С чем конкретно ложится? Alexander Zlobin

10.12.2021

17:36 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Файл с фосфогистидином сделала, но на команде _pdb2gmx -ff amber19sb -f 3ezn.pdb -o 3ezn_processed.gro -ignh_ ложитс... Anastasia Rachkova

03.12.2021

16:33 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина

По поводу траекторий
Исходно положение протонов в серине 193 и тирозине 231 неверное (в em_w.gro). Из-за этого 193 м... Alexander Zlobin

02.12.2021

23:23 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина

Я могу быть не права в своих идеях, но обрати, пожалуйста, внимание, когда будешь читать на статью: https://journals.... July Belyaeva

17:59 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина

*200-нс динамика (chg)*:
/home/domain/data/julybel/plasmin-2021/prep-30-11-21/coo-nh3/fitted.xtc
/home/domain/data/... July Belyaeva