Redmine

13.12.2021

01:23 Плазмин Production #448: Стартовые системы

Такими темпами мы никуда не уедем. Либо пересмотри свои приоритеты, либо я забираю проект, он с 2022 года становится ... Alexander Zlobin

01:07 Плазмин Production #448: Стартовые системы

Выпал на неделю, не трогал системы. Решил действовать по твоему алгоритму(выравнивал по боковым цепям). Телепортации ... Egor Ilin

16:02 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Каким тирозином?... Я что-то совершенно запутался. Не надо использовать никакой pdbfixer, он ничего не знает про фосф... Alexander Zlobin

15:49 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Интересно, когда я пофиксила pdbfixer'ом созданный мною файл, там реально получился какой-то треш. Сейчас пробую сдел... Anastasia Rachkova

14:47 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Ну он тут все говорит прямо. В его рецепте для остатка HIE (в данном случае Ц-концевого HIE - кстати, проверь, должен... Alexander Zlobin

14:43 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Забавно, когда делала первый раз - у него была ошибка на Met1, сейчас такая:
_Fatal error:
Atom O3 in residue HIS 9... Anastasia Rachkova

11.12.2021

13:59 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

С чем конкретно ложится? Alexander Zlobin

10.12.2021

17:36 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Файл с фосфогистидином сделала, но на команде _pdb2gmx -ff amber19sb -f 3ezn.pdb -o 3ezn_processed.gro -ignh_ ложитс... Anastasia Rachkova

03.12.2021

16:33 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина

По поводу траекторий
Исходно положение протонов в серине 193 и тирозине 231 неверное (в em_w.gro). Из-за этого 193 м... Alexander Zlobin

02.12.2021

23:23 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина

Я могу быть не права в своих идеях, но обрати, пожалуйста, внимание, когда будешь читать на статью: https://journals.... July Belyaeva

17:59 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина

*200-нс динамика (chg)*:
/home/domain/data/julybel/plasmin-2021/prep-30-11-21/coo-nh3/fitted.xtc
/home/domain/data/... July Belyaeva

30.11.2021

12:29 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина

*Заметка для себя*
Трипсин в апо-форме: 5MNF
Разрешение: 0.99 Å (2018)
Переподготовлю систему, сделаю более д... July Belyaeva

27.11.2021

13:08 Плазмин Production #448: Стартовые системы

Посмотрел первые 50 наносекунд комплекса плазминогена со стрептокиназой. Он разваливается((. Файл /home/domain/data/i... Egor Ilin

15.11.2021

01:31 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Для 2,3-фосфоглицератов заряд ставила -5, для остальных -4. Рисовала все ручками в Авогадро.
Файлы лежат в папке /ho... Anastasia Rachkova