Activity

From 10.11.2021 to 09.12.2021

16:33 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина: По поводу траекторий
Исходно положение протонов в серине 193 и тирозине 231 неверное (в em_w.gro). Из-за этого 193 м... Alexander Zlobin

23:23 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина: Я могу быть не права в своих идеях, но обрати, пожалуйста, внимание, когда будешь читать на статью: https://journals.... July Belyaeva
17:59 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина: *200-нс динамика (chg)*:
/home/domain/data/julybel/plasmin-2021/prep-30-11-21/coo-nh3/fitted.xtc
/home/domain/data/... July Belyaeva

12:29 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина: *Заметка для себя*
Трипсин в апо-форме: 5MNF
Разрешение: 0.99 Å (2018)
Переподготовлю систему, сделаю более д... July Belyaeva

13:08 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Посмотрел первые 50 наносекунд комплекса плазминогена со стрептокиназой. Он разваливается((. Файл /home/domain/data/i... Egor Ilin

01:31 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Для 2,3-фосфоглицератов заряд ставила -5, для остальных -4. Рисовала все ручками в Авогадро.
Файлы лежат в папке /ho... Anastasia Rachkova

12:25 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Фосфорилированные остатки в поле добавил. Теперь достаточно остатку иметь нужное название и атомы фосфора и фосфориль... Alexander Zlobin
10:57 Плазмин Production #448: Стартовые системы: *update gpu* дает больше всего прирост. Его надо использовать *всегда*, если есть гпу.
Остальные флаги включены. Р... Alexander Zlobin
10:46 Плазмин Production #448 (In Progress): Стартовые системы: Используй tmux, чтобы создавать набор терминалов на сервере, которые будут работать, когда ты уже закроешь все со сво... Alexander Zlobin

16:17 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина: *Некоторые добавления по теории*
1) Статья: [[https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/pro.2532]]
Рассмат... July Belyaeva

19:12 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Итоги встречи 10 ноября:
-текстовые файлы надо всегда смотреть и проверять ручками
-чтобы юзать поле, можно просто... Anastasia Rachkova
03:39 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: PDB Burchodelii 3ezn - удалила одну из цепей, гликоли удалила, воду оставила.
*pdbfixer 3ezn_Achain.pdb --output=... Anastasia Rachkova

01:14 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Продинамил плазминоген со стептокиназой. Проучилось 13.7 нс. Ставил на 20, но отключился терминал ( не знаю как это с... Egor Ilin

Also available in: Atom