Activity

From 29.10.2021 to 27.11.2021

13:08 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Посмотрел первые 50 наносекунд комплекса плазминогена со стрептокиназой. Он разваливается((. Файл /home/domain/data/i... Egor Ilin

01:31 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Для 2,3-фосфоглицератов заряд ставила -5, для остальных -4. Рисовала все ручками в Авогадро.
Файлы лежат в папке /ho... Anastasia Rachkova

12:25 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Фосфорилированные остатки в поле добавил. Теперь достаточно остатку иметь нужное название и атомы фосфора и фосфориль... Alexander Zlobin
10:57 Плазмин Production #448: Стартовые системы: *update gpu* дает больше всего прирост. Его надо использовать *всегда*, если есть гпу.
Остальные флаги включены. Р... Alexander Zlobin
10:46 Плазмин Production #448 (In Progress): Стартовые системы: Используй tmux, чтобы создавать набор терминалов на сервере, которые будут работать, когда ты уже закроешь все со сво... Alexander Zlobin

16:17 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина: *Некоторые добавления по теории*
1) Статья: [[https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/pro.2532]]
Рассмат... July Belyaeva

19:12 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Итоги встречи 10 ноября:
-текстовые файлы надо всегда смотреть и проверять ручками
-чтобы юзать поле, можно просто... Anastasia Rachkova
03:39 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: PDB Burchodelii 3ezn - удалила одну из цепей, гликоли удалила, воду оставила.
*pdbfixer 3ezn_Achain.pdb --output=... Anastasia Rachkova

01:14 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Продинамил плазминоген со стептокиназой. Проучилось 13.7 нс. Ставил на 20, но отключился терминал ( не знаю как это с... Egor Ilin

13:10 Плазмин Production #448: Стартовые системы: /home/domain/egor22366/pls_sl/iter_2/complex_w.gro Egor Ilin

23:09 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Обновил модельку в pls_sl. Вроде должно быть ок. Возможно убил не всю ненужную воду. Egor Ilin

13:48 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Что-то не так с complex_w.gro
gromacsplugin) Error reading atom 162228 from file, file does not match format
Obj... Alexander Zlobin

22:36 Киназы антибиотикорезистентности Exploration #406: Отбор систем-кандидатов (предреакционное состояние): *Топ-5 систем по среднему rmsd (группа pg-ami_tail) с atp*:
1) am0-glh36_in_2mg | 0.061
2) ami-neg_up_1mg1li | 0.... July Belyaeva
18:19 Киназы антибиотикорезистентности Exploration #406: Отбор систем-кандидатов (предреакционное состояние): Пересчитала rmsd для следующих групп (и для amp-pnp, и для atp):
- хвост ami
- полный ami
- трифосфатный хвост amp... July Belyaeva
16:29 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Сделал модели белков( плазмин, плазминоген и их комплексы со стрептокиназой). Пока ионы не добавлял, нужен опытный вз... Egor Ilin

13:05 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: А путь-то какой к файлам? Где они лежат? Alexander Zlobin

19:10 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Сделала общий файл "3ezn_rdpg.gro" с координатами.
Потом делала ячейку и заливала ее водой:
*gmx editconf -f 3ezn_... Anastasia Rachkova

14:25 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Спасибо! pdb сделала, двигаюсь дальше. Anastasia Rachkova

17:51 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Режим editing в Pymol
Ctrl + ПКМ, щелчок по связи и зажать - будет вращение той группы, к которой ближе вы щелкнули. Alexander Zlobin
03:06 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: У меня какой-то фейл с тем, чтобы вращать остатки амидов, делаю это не по-русски. Вы не подскажете еще раз, пожалуйст... Anastasia Rachkova

Also available in: Atom