Redmine

13.11.2021

12:25 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Фосфорилированные остатки в поле добавил. Теперь достаточно остатку иметь нужное название и атомы фосфора и фосфориль... Alexander Zlobin

10:57 Плазмин Production #448: Стартовые системы

*update gpu* дает больше всего прирост. Его надо использовать *всегда*, если есть гпу.
Остальные флаги включены. Р... Alexander Zlobin

10:46 Плазмин Production #448 (In Progress): Стартовые системы

Используй tmux, чтобы создавать набор терминалов на сервере, которые будут работать, когда ты уже закроешь все со сво... Alexander Zlobin

12.11.2021

16:17 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина

*Некоторые добавления по теории*
1) Статья: [[https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/pro.2532]]
Рассмат... July Belyaeva

10.11.2021

19:12 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Итоги встречи 10 ноября:
-текстовые файлы надо всегда смотреть и проверять ручками
-чтобы юзать поле, можно просто... Anastasia Rachkova

03:39 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

PDB Burchodelii 3ezn - удалила одну из цепей, гликоли удалила, воду оставила.
*pdbfixer 3ezn_Achain.pdb --output=... Anastasia Rachkova

09.11.2021

01:14 Плазмин Production #448: Стартовые системы

Продинамил плазминоген со стептокиназой. Проучилось 13.7 нс. Ставил на 20, но отключился терминал ( не знаю как это с... Egor Ilin

08.11.2021

13:10 Плазмин Production #448: Стартовые системы

/home/domain/egor22366/pls_sl/iter_2/complex_w.gro Egor Ilin

06.11.2021

23:09 Плазмин Production #448: Стартовые системы

Обновил модельку в pls_sl. Вроде должно быть ок. Возможно убил не всю ненужную воду. Egor Ilin

05.11.2021

13:48 Плазмин Production #448: Стартовые системы

Что-то не так с complex_w.gro
gromacsplugin) Error reading atom 162228 from file, file does not match format
Obj... Alexander Zlobin

04.11.2021

22:36 Киназы антибиотикорезистентности Exploration #406: Отбор систем-кандидатов (предреакционное состояние)

*Топ-5 систем по среднему rmsd (группа pg-ami_tail) с atp*:
1) am0-glh36_in_2mg | 0.061
2) ami-neg_up_1mg1li | 0.... July Belyaeva

18:19 Киназы антибиотикорезистентности Exploration #406: Отбор систем-кандидатов (предреакционное состояние)

Пересчитала rmsd для следующих групп (и для amp-pnp, и для atp):
- хвост ami
- полный ami
- трифосфатный хвост amp... July Belyaeva

16:29 Плазмин Production #448: Стартовые системы

Сделал модели белков( плазмин, плазминоген и их комплексы со стрептокиназой). Пока ионы не добавлял, нужен опытный вз... Egor Ilin

03.11.2021

13:05 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

А путь-то какой к файлам? Где они лежат? Alexander Zlobin

02.11.2021

19:10 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Сделала общий файл "3ezn_rdpg.gro" с координатами.
Потом делала ячейку и заливала ее водой:
*gmx editconf -f 3ezn_... Anastasia Rachkova

01.11.2021

14:25 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Спасибо! pdb сделала, двигаюсь дальше. Anastasia Rachkova

31.10.2021

17:51 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Режим editing в Pymol
Ctrl + ПКМ, щелчок по связи и зажать - будет вращение той группы, к которой ближе вы щелкнули. Alexander Zlobin

03:06 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

У меня какой-то фейл с тем, чтобы вращать остатки амидов, делаю это не по-русски. Вы не подскажете еще раз, пожалуйст... Anastasia Rachkova

28.10.2021

18:25 Плазмин Project #455 (In Progress): Гидролиз-активация плазмина

Дай, пожалуйста, право на редактирование
Думаю, еще стоит добавить инфу о том, кто из них мутант, кто нет Alexander Zlobin

18:20 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина

Таблица со структурами плазмина/плазминогена, организм - _Homo sapiens_.
Не ставила ограничений по разрешению, оно у... July Belyaeva

09:48 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Подготовка корректных систем - половина успешности моделирования, так что да, каким бы ни было унылым, делать приходи... Alexander Zlobin

27.10.2021

01:21 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

У меня небыстро продвигается с ручной обработкой гистидинов и аспарагинов с глутаминами. Хочу к 30 ноября доделать на... Anastasia Rachkova

12:24 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Привет, апдейтни по подготовке систем, пожалуйста. Когда смогу их посмотреть и обсудить?
И следи за своевременным об... Alexander Zlobin

10:48 Киназы антибиотикорезистентности Exploration #406 (In Progress): Отбор систем-кандидатов (предреакционное состояние)

1) РМСД по какой группе тебе кажется стоит использовать и почему?
2) Отбери, пожалуйста, топ-5 систем из АМП-ПНП, ... Alexander Zlobin

18.10.2021

14:05 Плазмин Exploration #457 (New): Обзор по гидролазам

Возникла мысль о том, что весьма полезно было бы сделать крупный литературный обзор по гидролазам, который мог бы пом... July Belyaeva

13:59 Плазмин Production #448: Стартовые системы

Так, супер-важное изменение. В будущем нам надо будет прочекать, какая структура стабильнее -
а) где Н-конец актива... Alexander Zlobin

13:55 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина

Юля, как договаривались, передаю тебе этот тикет.
Папка, где я делал расчеты:
/home/domain/data/zlobin/2021/plasm... Alexander Zlobin