Activity

From 05.12.2021 to 03.01.2022

03.01.2022

Avatar?id=975&size=24 15:50 Production #450: Стартовые системы
При выполнении
*gmx grompp -f em.mdp -c 3GP5_ions.gro -p topol.top -o em.tpr*
возникла сдедующая ошибка:
Fatal er...
Anastasia Rachkova

29.12.2021

Avatar?id=975&size=24 12:13 Production #450: Стартовые системы
Важные моменты:
В файле complex.gro лучше сразу ставить атомы лиганда сразу после белка и перед водой, все атомы дол...
Anastasia Rachkova

25.12.2021

Avatar?id=975&size=24 16:35 Production #450: Стартовые системы
Этот момент в файле вроде не касается даже аминоксилот и прочего, но я как-то не рискнула просто удалить эту строчку ... Anastasia Rachkova
Avatar?id=975&size=24 16:31 Production #450: Стартовые системы
Добрый вечер!
Я продвинулась дальше, но снова наткнулась на неочевидную ошибку при запуске команды:
gmx grompp -f ...
Anastasia Rachkova

22.12.2021

Avatar?id=975&size=24 14:18 Production #450: Стартовые системы
Локально (только на этой неделе) переношу время работы над проектом с сегодня (среда) но четверг. Anastasia Rachkova

18.12.2021

Avatar?id=975&size=24 21:59 Production #450: Стартовые системы
О, спасибо большое за инструкцию!
Я сделала рабочий файл-таки, пришлось сначала фиксить его без фосфогистидина, а по...
Anastasia Rachkova

17.12.2021

Avatar?id=882&size=24 11:12 Production #450: Стартовые системы
Вы можете сами такие вещи смотреть.
Отсылаю к этой части обсуджения: export GMXLIB=/home/domain/data/zlobin/gmxlib
...
Alexander Zlobin

16.12.2021

Avatar?id=975&size=24 23:32 Production #450: Стартовые системы
Попробовала еще раз, ошибка следующая:
_Fatal error:
Atom O1 in residue H2E 9 was not found in rtp entry H2E with...
Anastasia Rachkova
Avatar?id=975&size=24 23:30 Production #450: Стартовые системы
Точное время для лабораторной работы до конца января:
Понедельник 12:30 - 14:00
Среда 14:00 - 16:30
Суббота либо 1...
Anastasia Rachkova
Avatar?id=882&size=24 16:57 Production #450: Стартовые системы
Потому что у остатка HIE нет никаких кислородов. Они есть у остатка H2E. Это совсем разные остатки.
Сейчас ошибка го...
Alexander Zlobin

15.12.2021

Avatar?id=975&size=24 22:52 Production #450: Стартовые системы
С тирозином это я и сама запуталась, извините. А вот с O3 не поняла, там же действительно 3 кислорода, почему не долж... Anastasia Rachkova
Avatar?id=975&size=24 22:45 Production #450: Стартовые системы
А еще я разобралась-таки с исходным pdb. Исправила название атома, убрала этот TER и сделала фосфатную группу частью ... Anastasia Rachkova
Avatar?id=975&size=24 22:42 Production #450: Стартовые системы
Добрый вечер! Пишу про сроки проекта. На самом деле я не так уж и отклонилась от исходного плана: в декабре сделать с... Anastasia Rachkova

13.12.2021

Avatar?id=882&size=24 16:02 Production #450: Стартовые системы
Каким тирозином?... Я что-то совершенно запутался. Не надо использовать никакой pdbfixer, он ничего не знает про фосф... Alexander Zlobin
Avatar?id=975&size=24 15:49 Production #450: Стартовые системы
Интересно, когда я пофиксила pdbfixer'ом созданный мною файл, там реально получился какой-то треш. Сейчас пробую сдел... Anastasia Rachkova
Avatar?id=882&size=24 14:47 Production #450: Стартовые системы
Ну он тут все говорит прямо. В его рецепте для остатка HIE (в данном случае Ц-концевого HIE - кстати, проверь, должен... Alexander Zlobin
Avatar?id=975&size=24 14:43 Production #450: Стартовые системы
Забавно, когда делала первый раз - у него была ошибка на Met1, сейчас такая:
_Fatal error:
Atom O3 in residue HIS 9...
Anastasia Rachkova

11.12.2021

Avatar?id=882&size=24 13:59 Production #450: Стартовые системы
С чем конкретно ложится? Alexander Zlobin

10.12.2021

Avatar?id=975&size=24 17:36 Production #450: Стартовые системы
Файл с фосфогистидином сделала, но на команде _pdb2gmx -ff amber19sb -f 3ezn.pdb -o 3ezn_processed.gro -ignh_ ложитс... Anastasia Rachkova
 

Also available in: Atom