Activity

From 17.09.2021 to 16.10.2021

11.10.2021

Avatar?id=975&size=24 21:17 Production #450: Стартовые системы
Взяла новое поле и пофиксила глутамин 38 (pdbfixer'ом), команда:
_gmx pdb2gmx -ff amber19sb -f 3ezn.pdb -o 3ezn_proc...
Anastasia Rachkova

07.10.2021

Avatar?id=882&size=24 15:09 Production #450 (In Progress): Стартовые системы
Такс
Во-первых, поле 03 очень древнее - на это намекает цифра 03, то бишь 2003 год. Что брать - ff19sb. Как это де...
Alexander Zlobin
Avatar?id=975&size=24 04:03 Production #450: Стартовые системы
За основу фермента взяла белок из 3EZN буркходелии, очистила его от воды и гликолей.
Хотела бахнуть pdb2gmx (поле am...
Anastasia Rachkova
Avatar?id=975&size=24 03:03 Production #450: Стартовые системы
Сделаны параметры для субстратов - обоих стереоизомеров. Далее нужно
1) сделать системы комплексов
2) сделать мини...
Anastasia Rachkova

01.10.2021

Avatar?id=975&size=24 13:13 Production #450: Стартовые системы
Решено пока оставить Bespoke-fit в покое и сделать все с помощью GAFF. Anastasia Rachkova

27.09.2021

Avatar?id=975&size=24 10:05 Production #450: Стартовые системы
Сравнить по литературным данным тулы для генерации параметров для малых молекул и выбрать тот, что больше подходит. Anastasia Rachkova

21.09.2021

Avatar?id=975&size=24 01:09 Study #435: Подготовка к работе
Есть совсем древненькая статья (Meyerhof, O., and Kiessling, W., Biochem. Z., 276, 239; 280,99 (1935)), утв... Anastasia Rachkova
Avatar?id=975&size=24 00:57 Study #435: Подготовка к работе
Чудо случилось! В одной прекрасной статье, описывающей механизм реакции на 1981 год ( Structure and activity of phosp... Anastasia Rachkova
 

Also available in: Atom