Strbio

Version 5 (Andrey Golovin, 05.11.2014 00:21)

1 1 Andrey Golovin
h1. Структурная Биоинформатика 
2 1 Andrey Golovin
3 5 Andrey Golovin
*  Цель дисциплины – Сформировать уровень компетенции студентов, достаточный для использования наиболее распространённых  подходов структурной биоинформатики для решения стандартных задач молекулярной биологии. 
4 1 Andrey Golovin
5 1 Andrey Golovin
6 5 Andrey Golovin
* Задача дисциплины: – Ознакомить слушателей с основными подходами и научить слушателей приемам структурной биоинформатики. Ключевым моментом практических занятий является использование открытого программного обеспечения.
7 5 Andrey Golovin
8 1 Andrey Golovin
*Преподаватель*:
9 1 Andrey Golovin
10 1 Andrey Golovin
Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ
11 1 Andrey Golovin
12 1 Andrey Golovin
E-mail: golovin@genebee.msu.ru
13 1 Andrey Golovin
14 1 Andrey Golovin
15 5 Andrey Golovin
h2. Содержание страницы курса.
16 5 Andrey Golovin
17 5 Andrey Golovin
{{toc}}
18 5 Andrey Golovin
19 5 Andrey Golovin
20 5 Andrey Golovin
21 4 Andrey Golovin
h2. Форум для обсуждения вопросов по практическим заданиям
22 4 Andrey Golovin
23 4 Andrey Golovin
http://vsb.fbb.msu.ru/projects/edu/boards/1
24 4 Andrey Golovin
25 1 Andrey Golovin
h2. Результаты самостоятельной работы.
26 1 Andrey Golovin
27 1 Andrey Golovin
Результаты  выполнения домашних заданий отмечаются в общедоступном файле google таблиц:
28 1 Andrey Golovin
https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdFN3Y2loOWlyTlRLdThibllrbEZmdVE#gid=1
29 1 Andrey Golovin
30 1 Andrey Golovin
h2. Вопросы к зачёту
31 1 Andrey Golovin
32 1 Andrey Golovin
[[Qest|Вопросы к устному зачёту через google talks]]
33 1 Andrey Golovin
34 1 Andrey Golovin
Время зачёта согласуется по почте.
35 1 Andrey Golovin
36 1 Andrey Golovin
37 1 Andrey Golovin
h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».
38 1 Andrey Golovin
39 1 Andrey Golovin
# Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB
40 1 Andrey Golovin
# PyMol, инструмент визуализации структур.
41 1 Andrey Golovin
# Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)
42 1 Andrey Golovin
# Предсказание и определение вторичной структуры белка.
43 1 Andrey Golovin
# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
44 1 Andrey Golovin
# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
45 1 Andrey Golovin
# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
46 1 Andrey Golovin
# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
47 1 Andrey Golovin
# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
48 1 Andrey Golovin
# Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.
49 1 Andrey Golovin
50 1 Andrey Golovin
51 1 Andrey Golovin
h2. Видеозапись и презентации к лекциям
52 1 Andrey Golovin
53 2 Andrey Golovin
*Лекция 1.*  Строение белков. Структура и организация.    
54 1 Andrey Golovin
55 2 Andrey Golovin
 {{dmsf(217, Файл презентации)}}   [[Shad/Task1| Практическое занятие №1]]   
56 1 Andrey Golovin
57 2 Andrey Golovin
*Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур.
58 1 Andrey Golovin
59 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=NwFOzVjxeIQ)}} 
60 1 Andrey Golovin
61 2 Andrey Golovin
{{dmsf(218, Файл презентации)}}    [[Shad/Task2| Практическое занятие №2]]    
62 1 Andrey Golovin
63 1 Andrey Golovin
64 2 Andrey Golovin
*Лекция 3.*  Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go) 
65 1 Andrey Golovin
66 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=wYPiPfFy1n4)}} 
67 1 Andrey Golovin
68 2 Andrey Golovin
{{dmsf(249, Файл презентации)}}    [[Shad/Task3| Практическое занятие №3]]    
69 1 Andrey Golovin
70 1 Andrey Golovin
71 2 Andrey Golovin
*Лекция 4.* Предсказание вторичной структуры белка.
72 1 Andrey Golovin
73 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=STThFtFUPBA)}} 
74 1 Andrey Golovin
75 2 Andrey Golovin
{{dmsf(13, Файл презентации)}}    [[Shad/Task4| Практическое занятие №4]]    
76 1 Andrey Golovin
77 2 Andrey Golovin
78 2 Andrey Golovin
*Лекция 5.* Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. 
79 2 Andrey Golovin
80 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=5G1vTDGG0lQ)}} 
81 2 Andrey Golovin
82 2 Andrey Golovin
{{dmsf(14, Файл презентации)}}    [[Shad/Task5| Практическое занятие №5]]    
83 2 Andrey Golovin
84 2 Andrey Golovin
85 2 Andrey Golovin
*Лекция 6.* Молекулярная динамика. Моделирование самосборки белка.
86 2 Andrey Golovin
87 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=Otfoz0fo4GM)}} 
88 2 Andrey Golovin
89 2 Andrey Golovin
{{dmsf(18, Файл презентации)}}    [[Shad/Task6| Практическое занятие №6]]    
90 2 Andrey Golovin
91 2 Andrey Golovin
92 2 Andrey Golovin
*Лекция 7.* Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. 
93 2 Andrey Golovin
94 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=unEMlugZ8pY)}} 
95 2 Andrey Golovin
96 2 Andrey Golovin
{{dmsf(16, Файл презентации)}}    [[Shad/Task7| Практическое занятие №7]]    
97 2 Andrey Golovin
98 2 Andrey Golovin
99 2 Andrey Golovin
*Лекция 8.* Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP.
100 2 Andrey Golovin
101 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=xHnalWWvLUk)}} 
102 2 Andrey Golovin
103 2 Andrey Golovin
{{dmsf(17, Файл презентации)}}    [[Shad/Task8| Практическое занятие №8]]    
104 2 Andrey Golovin
105 2 Andrey Golovin
106 2 Andrey Golovin
107 2 Andrey Golovin
*Лекция 9.* Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.
108 2 Andrey Golovin
109 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=zoYtgnworBY)}} 
110 2 Andrey Golovin
111 2 Andrey Golovin
{{dmsf(19, Файл презентации)}}    [[Shad/Task9| Практическое занятие №9]]    
112 2 Andrey Golovin
113 2 Andrey Golovin
114 2 Andrey Golovin
115 2 Andrey Golovin
*Лекция 10.* Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.
116 2 Andrey Golovin
117 1 Andrey Golovin
118 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=snFp2HZbApc)}} 
119 2 Andrey Golovin
120 5 Andrey Golovin
{{dmsf(22, Файл презентации)}}/ {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}}    [[Shad/Task12| Практическое занятие №10]]
121 2 Andrey Golovin
122 2 Andrey Golovin
123 1 Andrey Golovin
124 1 Andrey Golovin
125 1 Andrey Golovin
h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.
126 1 Andrey Golovin
127 1 Andrey Golovin
Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все. 
128 1 Andrey Golovin
129 1 Andrey Golovin
h2. Рекомендованная литература
130 5 Andrey Golovin
131 5 Andrey Golovin
* Bourne, P.E., and Gu, J. (2009) Structural Bioinformatics (2nd edition), John Wiley & Sons, New York, ISBN 978-0-470-18105-8
132 5 Andrey Golovin
* Bourne, P.E., and Weissig, H. (2003) Structural Bioinformatics, Wiley ISBN 0-471-20199-5
133 5 Andrey Golovin
* Leach, Andrew (2001) Molecular Modelling: Principles and Applications (2nd edition), Prentice Hall, ISBN 978-0-582-38210-7