Strbio

Version 3 (Andrey Golovin, 05.11.2014 00:06)

1 1 Andrey Golovin
h1. Структурная Биоинформатика 
2 1 Andrey Golovin
3 1 Andrey Golovin
{{toc}}
4 1 Andrey Golovin
5 1 Andrey Golovin
h2. Общая информация
6 1 Andrey Golovin
7 1 Andrey Golovin
*Преподаватель*:
8 1 Andrey Golovin
9 1 Andrey Golovin
Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ
10 1 Andrey Golovin
11 1 Andrey Golovin
E-mail: golovin@genebee.msu.ru
12 1 Andrey Golovin
13 1 Andrey Golovin
h2. Результаты самостоятельной работы.
14 1 Andrey Golovin
15 1 Andrey Golovin
Результаты  выполнения домашних заданий отмечаются в общедоступном файле google таблиц:
16 1 Andrey Golovin
https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdFN3Y2loOWlyTlRLdThibllrbEZmdVE#gid=1
17 1 Andrey Golovin
18 1 Andrey Golovin
h2. Вопросы к зачёту
19 1 Andrey Golovin
20 1 Andrey Golovin
[[Qest|Вопросы к устному зачёту через google talks]]
21 1 Andrey Golovin
22 1 Andrey Golovin
Время зачёта согласуется по почте.
23 1 Andrey Golovin
24 1 Andrey Golovin
25 1 Andrey Golovin
h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».
26 1 Andrey Golovin
27 1 Andrey Golovin
# Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB
28 1 Andrey Golovin
# PyMol, инструмент визуализации структур.
29 1 Andrey Golovin
# Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)
30 1 Andrey Golovin
# Предсказание и определение вторичной структуры белка.
31 1 Andrey Golovin
# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
32 1 Andrey Golovin
# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
33 1 Andrey Golovin
# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
34 1 Andrey Golovin
# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
35 1 Andrey Golovin
# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
36 1 Andrey Golovin
# Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.
37 1 Andrey Golovin
38 1 Andrey Golovin
39 1 Andrey Golovin
h2. Видеозапись и презентации к лекциям
40 1 Andrey Golovin
41 2 Andrey Golovin
*Лекция 1.*  Строение белков. Структура и организация.    
42 1 Andrey Golovin
43 2 Andrey Golovin
 {{dmsf(217, Файл презентации)}}   [[Shad/Task1| Практическое занятие №1]]   
44 1 Andrey Golovin
45 2 Andrey Golovin
*Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур.
46 1 Andrey Golovin
47 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=NwFOzVjxeIQ)}} 
48 1 Andrey Golovin
49 2 Andrey Golovin
{{dmsf(218, Файл презентации)}}    [[Shad/Task2| Практическое занятие №2]]    
50 1 Andrey Golovin
51 1 Andrey Golovin
52 2 Andrey Golovin
*Лекция 3.*  Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go) 
53 1 Andrey Golovin
54 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=wYPiPfFy1n4)}} 
55 1 Andrey Golovin
56 2 Andrey Golovin
{{dmsf(249, Файл презентации)}}    [[Shad/Task3| Практическое занятие №3]]    
57 1 Andrey Golovin
58 1 Andrey Golovin
59 2 Andrey Golovin
*Лекция 4.* Предсказание вторичной структуры белка.
60 1 Andrey Golovin
61 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=STThFtFUPBA)}} 
62 1 Andrey Golovin
63 2 Andrey Golovin
{{dmsf(13, Файл презентации)}}    [[Shad/Task4| Практическое занятие №4]]    
64 1 Andrey Golovin
65 2 Andrey Golovin
66 2 Andrey Golovin
*Лекция 5.* Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. 
67 2 Andrey Golovin
68 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=5G1vTDGG0lQ)}} 
69 2 Andrey Golovin
70 2 Andrey Golovin
{{dmsf(14, Файл презентации)}}    [[Shad/Task5| Практическое занятие №5]]    
71 2 Andrey Golovin
72 2 Andrey Golovin
73 2 Andrey Golovin
*Лекция 6.* Молекулярная динамика. Моделирование самосборки белка.
74 2 Andrey Golovin
75 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=Otfoz0fo4GM)}} 
76 2 Andrey Golovin
77 2 Andrey Golovin
{{dmsf(18, Файл презентации)}}    [[Shad/Task6| Практическое занятие №6]]    
78 2 Andrey Golovin
79 2 Andrey Golovin
80 2 Andrey Golovin
*Лекция 7.* Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. 
81 2 Andrey Golovin
82 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=unEMlugZ8pY)}} 
83 2 Andrey Golovin
84 2 Andrey Golovin
{{dmsf(16, Файл презентации)}}    [[Shad/Task7| Практическое занятие №7]]    
85 2 Andrey Golovin
86 2 Andrey Golovin
87 2 Andrey Golovin
*Лекция 8.* Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP.
88 2 Andrey Golovin
89 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=xHnalWWvLUk)}} 
90 2 Andrey Golovin
91 2 Andrey Golovin
{{dmsf(17, Файл презентации)}}    [[Shad/Task8| Практическое занятие №8]]    
92 2 Andrey Golovin
93 2 Andrey Golovin
94 2 Andrey Golovin
95 2 Andrey Golovin
*Лекция 9.* Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.
96 2 Andrey Golovin
97 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=zoYtgnworBY)}} 
98 2 Andrey Golovin
99 2 Andrey Golovin
{{dmsf(19, Файл презентации)}}    [[Shad/Task9| Практическое занятие №9]]    
100 2 Andrey Golovin
101 2 Andrey Golovin
102 2 Andrey Golovin
103 2 Andrey Golovin
*Лекция 10.* Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.
104 2 Andrey Golovin
105 2 Andrey Golovin
106 2 Andrey Golovin
{{video(https://www.youtube.com/watch?v=snFp2HZbApc)}} 
107 2 Andrey Golovin
108 3 Andrey Golovin
{{dmsf(22, Файл презентации)}}/ {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}}    [[Shad/Task10| Практическое занятие №12]]
109 2 Andrey Golovin
110 2 Andrey Golovin
111 1 Andrey Golovin
112 1 Andrey Golovin
113 1 Andrey Golovin
h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.
114 1 Andrey Golovin
115 1 Andrey Golovin
Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все. 
116 1 Andrey Golovin
117 1 Andrey Golovin
h2. Рекомендованная литература