History

Wiki »

Задания

День 1

  • Лекция о структурной биоинформатике
  • Знакомство
  • Формулы химических веществ, IUPAC
  • Познакомтесь с редактором формул

День 2

  • Выберите несколько лекарств из Перечня жизненноважных препаратов и попробуйте:
  • Найти их описания
  • В редакторе cамостоятельно нарисовать их структуры по названиям и сравнить получившиеся с оригиналами
  • Cкопировать структуры и сгенерировать названия и сравнить с оригиналами
  • Попробуйте разные инструменты, например, 2D оптимизацию
  • Попробуйте сохранить изображения ваших веществ
  • Формулы химических веществ, SMILES
  • Сохраните в отдельный файл сгенерированные SMILES нотации
  • Поиск в базах данных PubChem, ChemSpider
  • Введение в Докинг

День 3

  • 3D структуры химических соединений
  • Попробуйте построить соединения из Дня 2 в программе avogadro
  • Попробуйте пользоваться готовыми блоками (Build -> insert -> Fragment)
  • А теперь попробуйте построить структуры на основе SMILES (Build -> insert -> SMILES). Что было быстрее?
  • А теперь давайте попробуем сделать докинг
  • В банке PDB найдите структуру мишени, например 3jut
  • Посмотрите на ваш белок:
pymol 3jut.pdb
  • Подготовьте мишень к докингу:
genbox.py 3jut.pdb
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r 3jut.pdb
  • Подготовьте мишень к докингу (помните про pH!):
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py -l aspirin.pdb
  • Проведите докинг при помощи AutodockVina
vina --config vina.cfg --receptor 3jut.pdbqt --ligand aspirin.pdbqt --out 3jut_aspirin_out.pdbqt
  • Посмотрите глазами на результат
pymol 3jut.pdb 3jut_aspirin_out.pdbqt

День 4

  • Получите структуру лучшего результата с лучшей энергией 
    python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/process_VinaResult.py -r 2c4f.pdbqt -f aspirin_out.pdbqt
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/pdbqt_to_pdb.py -f aspirin_out_model1.pdbqt
  • Сравните ваш результат и с литературой PDB ID:3TCT
pymol 3jut.pdb aspirin_out_model1.pdb
  • Получите изображение

Самый простой вариант:

as cartoon
show sticks residue JMS

set opaque_background, 0
ray
save pic.png
  • А теперь создайте мутантные варианты (по всем 4м цепям) и проведите докинг
    • Аминокислоту для мутанта выберите аминокислоту из списка
  • Дополнительне материалы:
    • Программы для монтажа видео: