Sirius3
Version 1 (Arthur Zalevsky, 11.10.2016 17:24)
| 1 | 1 | Arthur Zalevsky | h1. Задания |
|---|---|---|---|
| 2 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 3 | 1 | Arthur Zalevsky | h2. День 1 |
| 4 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 5 | 1 | Arthur Zalevsky | * Лекция о структурной биоинформатике |
| 6 | 1 | Arthur Zalevsky | * Знакомство |
| 7 | 1 | Arthur Zalevsky | * Формулы химических веществ, IUPAC, SMILES |
| 8 | 1 | Arthur Zalevsky | * Познакомтесь с "редактором":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html формул |
| 9 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 10 | 1 | Arthur Zalevsky | h2. День 2 |
| 11 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 12 | 1 | Arthur Zalevsky | * Выберите несколько лекарств из "Перечня":http://government.ru/media/files/MzyV0Mmm2FoDAP7AWAAVLLpjoLoiShib.pdf жизненноважных препаратов и попробуйте: |
| 13 | 1 | Arthur Zalevsky | * Найти их описания |
| 14 | 1 | Arthur Zalevsky | * В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html cамостоятельно нарисовать их структуры по названиям и сравнить получившиеся с оригиналами |
| 15 | 1 | Arthur Zalevsky | * Cкопировать структуры и сгенерировать названия и сравнить с оригиналами |
| 16 | 1 | Arthur Zalevsky | * Попробуйте разные инструменты, например, 2D оптимизацию |
| 17 | 1 | Arthur Zalevsky | * Попробуйте сохранить изображения ваших веществ |
| 18 | 1 | Arthur Zalevsky | * Сохраните в отдельный файл сгенерированные SMILES нотации |
| 19 | 1 | Arthur Zalevsky | * Для тех же соединений попробуйте построить 3D структуры в программе avogadro |
| 20 | 1 | Arthur Zalevsky | * А теперь попробуйте построить структуры на основе SMILES (File -> insert -> SMILES). Что было быстрее? |
| 21 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 22 | 1 | Arthur Zalevsky | * Введение в Докинг |
| 23 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 24 | 1 | Arthur Zalevsky | h2. День 3 |
| 25 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 26 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 27 | 1 | Arthur Zalevsky | * В банке "PDB":http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do найдите комплекс циклооксигеназы человека с одним из лигандов и скачайте его в формате PDB. |
| 28 | 1 | Arthur Zalevsky | * Удалите из файла все лишее, кроме белка |
| 29 | 1 | Arthur Zalevsky | * Посмотрите на ваш белок: |
| 30 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 31 | 1 | Arthur Zalevsky | <pre>pymol 3jut.pdb</pre> |
| 32 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 33 | 1 | Arthur Zalevsky | * В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html изобразите структуру лиганда и сгенерируйте для него SMILES запись |
| 34 | 1 | Arthur Zalevsky | * Сгенерируйте для него 3D структуру в Avogadro и сохраните в формате PDB |
| 35 | 1 | Arthur Zalevsky | * Найдите потенциальные мишени для аспирина и внесите их в "таблицу":http://goo.gl/rRqWzf |
| 36 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 37 | 1 | Arthur Zalevsky | <pre> |
| 38 | 1 | Arthur Zalevsky | genbox.py 3jut.pdb |
| 39 | 1 | Arthur Zalevsky | python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r 3jut.pdb |
| 40 | 1 | Arthur Zalevsky | python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py -l aspirin.pdb |
| 41 | 1 | Arthur Zalevsky | vina --config vina.cfg --receptor 3jut.pdbqt --ligand aspirin.pdbqt |
| 42 | 1 | Arthur Zalevsky | pymol 3jut.pdb aspirin_out.pdbqt |
| 43 | 1 | Arthur Zalevsky | </pre> |
| 44 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 45 | 1 | Arthur Zalevsky | h2. День 4 |
| 46 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 47 | 1 | Arthur Zalevsky | * Выберите одну из структур в комлексе с соответствующим лекарством: |
| 48 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 49 | 1 | Arthur Zalevsky | |_. PDB ID |_. Лекарство |_. Обозначение | |
| 50 | 1 | Arthur Zalevsky | | 5KIR | Vioxx | RCX | |
| 51 | 1 | Arthur Zalevsky | | 5IKQ | Meclofenamic acid | JMS | |
| 52 | 1 | Arthur Zalevsky | | 5IKR | Mefenamic acid | ID8 | |
| 53 | 1 | Arthur Zalevsky | | 5IKT | Tolfenamic acid | TLF | |
| 54 | 1 | Arthur Zalevsky | | 5IKV | Flufenamic acid | FLF | |
| 55 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 56 | 1 | Arthur Zalevsky | * Внимательно посмотрите на комплекс лекарства с белком. Подумайте, куда и какие заместители разумно вставить/убрать. |
| 57 | 1 | Arthur Zalevsky | * Создайте (2D -> SMILES -> 3D) структуру вашего варианта лиганда |
| 58 | 1 | Arthur Zalevsky | * Проведите с ней докинг (см. День 3) |
| 59 | 1 | Arthur Zalevsky | * Получите структуру лучшего результата с лучшей энергией: |
| 60 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 61 | 1 | Arthur Zalevsky | <pre> |
| 62 | 1 | Arthur Zalevsky | python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/process_VinaResult.py -r 2c4f.pdbqt -f aspirin_out.pdbqt |
| 63 | 1 | Arthur Zalevsky | python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/pdbqt_to_pdb.py -f aspirin_out_model1.pdbqt |
| 64 | 1 | Arthur Zalevsky | </pre> |
| 65 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 66 | 1 | Arthur Zalevsky | * Сравните исходную структуру с вашим результатом: |
| 67 | 1 | Arthur Zalevsky | <pre> |
| 68 | 1 | Arthur Zalevsky | pymol 3jut.pdb aspirin_out_model1.pdb |
| 69 | 1 | Arthur Zalevsky | </pre> |
| 70 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 71 | 1 | Arthur Zalevsky | * Получите изображение |
| 72 | 1 | Arthur Zalevsky | Самый простой вариант: |
| 73 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 74 | 1 | Arthur Zalevsky | <pre> |
| 75 | 1 | Arthur Zalevsky | as cartoon |
| 76 | 1 | Arthur Zalevsky | show sticks residue JMS |
| 77 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 78 | 1 | Arthur Zalevsky | set opaque_background, 0 |
| 79 | 1 | Arthur Zalevsky | ray |
| 80 | 1 | Arthur Zalevsky | save pic.png |
| 81 | 1 | Arthur Zalevsky | </pre> |
| 82 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 83 | 1 | Arthur Zalevsky | * Дополнительне материалы: |
| 84 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 85 | 1 | Arthur Zalevsky | * Презентация про "PyMol":http://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/218/download |
| 86 | 1 | Arthur Zalevsky | * Примеры "графиков":https://plot.ly/python/ |
| 87 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 88 | 1 | Arthur Zalevsky | * Программы для монтажа видео: |
| 89 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 90 | 1 | Arthur Zalevsky | * "OBS":https://obsproject.com/ |
| 91 | 1 | Arthur Zalevsky | * "Openshot":https://obsproject.com/ |