Edit History

Wiki »

Sirius1

Version 8 (Arthur Zalevsky, 06.10.2016 13:45)

1 1 Arthur Zalevsky 
h1. Задания
2 1 Arthur Zalevsky 





    3
    2
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 2





    4
    2
    Arthur Zalevsky
    





    5
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Выберите несколько лекарств из "Перечня":http://government.ru/media/files/MzyV0Mmm2FoDAP7AWAAVLLpjoLoiShib.pdf жизненноважных препаратов и попробуйте:





    6
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Найти их описания





    7
    1
    Arthur Zalevsky
    
* В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html cамостоятельно нарисовать их структуры по названиям и сравнить получившиеся с оригиналами





    8
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Cкопировать структуры и сгенерировать названия и сравнить с оригиналами





    9
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Попробуйте разные инструменты, например, 2D оптимизацию





    10
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Попробуйте сохранить изображения ваших веществ





    11
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Сохраните в отдельный файл сгенерированные SMILES нотации





    12
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Для тех же соединений попробуйте построить 3D структуры в программе avogadro





    13
    1
    Arthur Zalevsky
    
* А теперь попробуйте построить структуры на основе SMILES (File -> insert -> SMILES). Что было быстрее?





    14
    2
    Arthur Zalevsky
    





    15
    2
    Arthur Zalevsky
    





    16
    2
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 3





    17
    2
    Arthur Zalevsky
    





    18
    2
    Arthur Zalevsky
    
* В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html изобразите аспирин и сгенерируйте для него 2D структуру





    19
    2
    Arthur Zalevsky
    
* Сгенерируйте для него 3D структуру в Avogadro и сохраните в формате PDB





    20
    5
    Arthur Zalevsky
    
* Найдите потенциальные мишени для аспирина и внесите их в "таблицу":http://goo.gl/rRqWzf





    21
    2
    Arthur Zalevsky
    





    22
    2
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    23
    3
    Arthur Zalevsky
    
python /tmp/genbox.py 3jut.pdb





    24
    3
    Arthur Zalevsky
    
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r 3jut.pdb





    25
    3
    Arthur Zalevsky
    
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py -l aspirin.pdb





    26
    3
    Arthur Zalevsky
    
vina --config vina.cfg --receptor 3jut.pdbqt --ligand aspirin.pdbqt





    27
    4
    Arthur Zalevsky
    
pymol 3jut.pdb aspirin_out.pdbqt





    28
    2
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    29
    6
    Arthur Zalevsky
    





    30
    6
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 4 





    31
    6
    Arthur Zalevsky
    





    32
    6
    Arthur Zalevsky
    
Презентация про "PyMol":http://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/218/download





    33
    7
    Arthur Zalevsky
    
Самый простой вариант:





    34
    7
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    35
    7
    Arthur Zalevsky
    
set opaque_background, 1





    36
    7
    Arthur Zalevsky
    
ray





    37
    7
    Arthur Zalevsky
    
save pic.png





    38
    7
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    39
    7
    Arthur Zalevsky
    





    40
    6
    Arthur Zalevsky
    
Примеры "графиков":https://plot.ly/python/





    41
    8
    Arthur Zalevsky
    





    42
    8
    Arthur Zalevsky
    
Программы для монтажа видео:





    43
    8
    Arthur Zalevsky
    
* "OBS":https://obsproject.com/





    44
    8
    Arthur Zalevsky
    
* "Openshot":https://obsproject.com/