Sirius1

Version 6 (Arthur Zalevsky, 06.10.2016 13:26)

1 1 Arthur Zalevsky
h1. Задания
2 1 Arthur Zalevsky
3 2 Arthur Zalevsky
h2. День 2
4 2 Arthur Zalevsky
5 1 Arthur Zalevsky
* Выберите несколько лекарств из "Перечня":http://government.ru/media/files/MzyV0Mmm2FoDAP7AWAAVLLpjoLoiShib.pdf жизненноважных препаратов и попробуйте:
6 1 Arthur Zalevsky
* Найти их описания
7 1 Arthur Zalevsky
* В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html cамостоятельно нарисовать их структуры по названиям и сравнить получившиеся с оригиналами
8 1 Arthur Zalevsky
* Cкопировать структуры и сгенерировать названия и сравнить с оригиналами
9 1 Arthur Zalevsky
* Попробуйте разные инструменты, например, 2D оптимизацию
10 1 Arthur Zalevsky
* Попробуйте сохранить изображения ваших веществ
11 1 Arthur Zalevsky
* Сохраните в отдельный файл сгенерированные SMILES нотации
12 1 Arthur Zalevsky
* Для тех же соединений попробуйте построить 3D структуры в программе avogadro
13 1 Arthur Zalevsky
* А теперь попробуйте построить структуры на основе SMILES (File -> insert -> SMILES). Что было быстрее?
14 2 Arthur Zalevsky
15 2 Arthur Zalevsky
16 2 Arthur Zalevsky
h2. День 3
17 2 Arthur Zalevsky
18 2 Arthur Zalevsky
* В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html изобразите аспирин и сгенерируйте для него 2D структуру
19 2 Arthur Zalevsky
* Сгенерируйте для него 3D структуру в Avogadro и сохраните в формате PDB
20 5 Arthur Zalevsky
* Найдите потенциальные мишени для аспирина и внесите их в "таблицу":http://goo.gl/rRqWzf
21 2 Arthur Zalevsky
22 2 Arthur Zalevsky
<pre>
23 3 Arthur Zalevsky
python /tmp/genbox.py 3jut.pdb
24 3 Arthur Zalevsky
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r 3jut.pdb
25 3 Arthur Zalevsky
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py -l aspirin.pdb
26 3 Arthur Zalevsky
vina --config vina.cfg --receptor 3jut.pdbqt --ligand aspirin.pdbqt
27 4 Arthur Zalevsky
pymol 3jut.pdb aspirin_out.pdbqt
28 2 Arthur Zalevsky
</pre>
29 6 Arthur Zalevsky
30 6 Arthur Zalevsky
h2. День 4 
31 6 Arthur Zalevsky
32 6 Arthur Zalevsky
Презентация про "PyMol":http://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/218/download
33 6 Arthur Zalevsky
Примеры "графиков":https://plot.ly/python/