« Previous - Version 2/3 (diff) - Next » - Current version
Andrey Golovin, 21.11.2013 17:47


Предсказание вторичной структуры РНК

Задание:
Сравните методы предсказания вторичной структуры РНК и оцените степень достоверности разных алгоритмов предсказания.

Материалы и методы Выполнение:
  1. Постройте структуру для последовательности: GGGCCCGUGGUCUAGUUGGUCAUGACGCCGCCCUUACGAGGCGGAGGUCCGGGGUUCAAGUCCCCGCGGGCCCACCA, используя:
  2. Сравните предсказанные вторичные структуры с результатами поиска последовательности по базе данных семейств РНК,RFAM. Вероятно ответ не будет совпадать со результатами предсказания вторичной структуры.
  3. Сделайте предсказание вторичной структуры вашей последовательности РНК на основе выравнивания с гомологами из банка RFAM. На сайте RFAM сгенерируйте seed выравнивание для найденного семейства в fasta формате без гэпов. Создайте текстовой файл fasta формата примерного содержания:
    >x1
    GGGCCCGUGGUCUAGUUGGUCAUGACGCCGCCCUUACGAGGCGGAGGUCCGGGGUUCAAGUCCCCGCGGGCCCACCA
    >х2
    GGG...
    

    где будут указаны три последовательности из seed выравнивания из банка RFAM.
    • Постройте выравнивание из этих последовательностей используя страницу запроса на http://bioinf.fbb.msu.ru/RNAAlign/input.jsp
    • Получите выравнивание и скопируйте его в текстовый файл, удалите знаки табуляции.
    • Постройте вторичную структуру на основе полученного выравнивания на RNAalifold на сервере http://rna.tbi.univie.ac.at/ .
  4. Изучите другие возможности серверов из пакета Viena RNA package на http://rna.tbi.univie.ac.at/
  1. Попробуйте построить третичную структуру вашей тРНК с попмощью: http://dualopt1.cmm.msu.ru/