Shad

Version 8 (Andrey Golovin, 25.03.2013 21:31)

1 2 Andrey Golovin
h1. Структурная Биоинформатика в ШАД (Школа анализа данных Yandex)
2 1 Andrey Golovin
3 1 Andrey Golovin
4 1 Andrey Golovin
Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ
5 1 Andrey Golovin
6 1 Andrey Golovin
E-mail: golovin@genebee.msu.ru
7 1 Andrey Golovin
8 1 Andrey Golovin
Почта для заданий: G0L0VIN.ANDREY@yandex.ru
9 1 Andrey Golovin
10 2 Andrey Golovin
{{toc}}
11 2 Andrey Golovin
12 2 Andrey Golovin
h2. Результаты работ.
13 2 Andrey Golovin
14 1 Andrey Golovin
Update: Обновил результаты проверки работ, на сегодня только четыре человека сделали все задания.
15 1 Andrey Golovin
16 1 Andrey Golovin
текст ссылки на таблицу: https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdDBhYjY5c3pMZHJjd0g1WTlvcXh6a2c
17 1 Andrey Golovin
18 1 Andrey Golovin
"Результаты проверки заданий":https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdDBhYjY5c3pMZHJjd0g1WTlvcXh6a2c
19 1 Andrey Golovin
20 1 Andrey Golovin
21 2 Andrey Golovin
h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».
22 1 Andrey Golovin
23 1 Andrey Golovin
   
24 2 Andrey Golovin
# Строение белков. Аимнокислоты. Структуры. Банк PDB
25 2 Andrey Golovin
# PyMol, инструмент визуализации структур.
26 2 Andrey Golovin
# Предсказание и определение вторичной структуры белка.
27 2 Andrey Golovin
# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
28 2 Andrey Golovin
# Молекулярная механика. Силовые поля.
29 2 Andrey Golovin
# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
30 2 Andrey Golovin
# Молекулярная динамика.
31 2 Andrey Golovin
# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
32 2 Andrey Golovin
# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
33 2 Andrey Golovin
# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
34 2 Andrey Golovin
# Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
35 2 Andrey Golovin
# ???? Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.
36 1 Andrey Golovin
37 1 Andrey Golovin
38 2 Andrey Golovin
h2. Презентации к лекциям
39 1 Andrey Golovin
40 7 Andrey Golovin
*Лекция 1.*  Строение белков. Структура и организация. {{dmsf(11, Презентация)}}
41 4 Andrey Golovin
42 7 Andrey Golovin
*Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. {{dmsf(12, Презентация)}}
43 1 Andrey Golovin
44 7 Andrey Golovin
**Лекция 3.** Предсказание вторичной структуры белка.{{dmsf(13, Презентация)}}
45 1 Andrey Golovin
46 7 Andrey Golovin
**Лекция 4.** Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. {{dmsf(14, Презентация)}}
47 1 Andrey Golovin
48 7 Andrey Golovin
**Лекция 5.** Молекулярная механика. Силовые поля. {{dmsf(15, Презентация)}}
49 1 Andrey Golovin
50 7 Andrey Golovin
**Лекция 6.** Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. {{dmsf(16, Презентация)}}
51 1 Andrey Golovin
52 7 Andrey Golovin
**Лекция 7.** Молекулярная динамика.{{dmsf(17, Презентация)}}
53 1 Andrey Golovin
54 7 Andrey Golovin
**Лекция 8.** Моделирование самосборки белка.{{dmsf(18, Презентация)}}
55 1 Andrey Golovin
56 7 Andrey Golovin
**Лекция 9.** Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.{{dmsf(19, Презентация)}}
57 1 Andrey Golovin
58 7 Andrey Golovin
**Лекция 10.** Базы данных: SCOP, CATH; соревнование CASP.{{dmsf(20, Презентация)}}
59 1 Andrey Golovin
60 7 Andrey Golovin
**Лекция 11.** Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.{{dmsf(21, Презентация)}}
61 1 Andrey Golovin
62 8 Andrey Golovin
**Лекция 12.** Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.{{dmsf(22, Презентация)}} / {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}}
63 1 Andrey Golovin
64 7 Andrey Golovin
65 7 Andrey Golovin
66 2 Andrey Golovin
h2. Домашние задания
67 2 Andrey Golovin
68 7 Andrey Golovin
  - ((Shad/Task1 Занятие 1))
69 7 Andrey Golovin
  - ((Shad/Task2 Занятие 2))
70 7 Andrey Golovin
  - ((Shad/Task3 Занятие 3))
71 7 Andrey Golovin
  - ((Shad/Task4 Занятие 4))
72 7 Andrey Golovin
  - ((Shad/Task5 Занятие 5))
73 7 Andrey Golovin
  - ((Shad/Task6 Занятие 6))
74 7 Andrey Golovin
  - ((Shad/Task7 Занятие 7)) 
75 7 Andrey Golovin
  - ((Shad/Task8 Занятие 8)) 
76 7 Andrey Golovin
  - ((Shad/Task9 Занятие 9)) 
77 7 Andrey Golovin
  - ((Shad/Task10 Занятие 10))   
78 7 Andrey Golovin
  - ((Shad/Task12 Занятие 12))   
79 1 Andrey Golovin
80 2 Andrey Golovin
h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.
81 1 Andrey Golovin
82 1 Andrey Golovin
Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все. 
83 1 Andrey Golovin
84 2 Andrey Golovin
h2. Рекомендованная литература