Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Структурная Биоинформатика в ШАД (Школа анализа данных Yandex)

Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail: golovin@genebee.msu.ru

Почта для заданий: G0L0VIN.ANDREY@yandex.ru

{{toc}}

h2. Результаты работ.

Update: Обновил результаты проверки работ, на сегодня только четыре человека сделали все задания.

текст ссылки на таблицу: https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdDBhYjY5c3pMZHJjd0g1WTlvcXh6a2c

"Результаты проверки заданий":https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdDBhYjY5c3pMZHJjd0g1WTlvcXh6a2c

h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».


# Строение белков. Аимнокислоты. Структуры. Банк PDB
# PyMol, инструмент визуализации структур.
# Предсказание и определение вторичной структуры белка.
# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
# Молекулярная механика. Силовые поля.
# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
# Молекулярная динамика.
# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
# Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
# ???? Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

h2. Презентации к лекциям

*Лекция 1.* Строение белков. Структура и организация.
{{dmsf(11, Презентация, l1.pdf)}}

"Презентация, l1.pdf":http://redmine.lab/attachments/download/99/prez.pdf

**Лекция 2.** PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур.
"Презентация, l2.pdf":

**Лекция 3.** Предсказание вторичной структуры белка.
((file:l3.pdf Презентация, l3.pdf))

**Лекция 4.** Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки.
((file:l4.pdf Презентация, l4.pdf))

**Лекция 5.** Молекулярная механика. Силовые поля.
((file:l5.pdf Презентация, l5.pdf))

**Лекция 6.** Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика.
((file:l6.pdf Презентация, l6.pdf))

**Лекция 7.** Молекулярная динамика.
((file:l7.pdf Презентация, l7.pdf))

**Лекция 8.** Моделирование самосборки белка.
((file:l8.pdf Презентация, l8.pdf))

**Лекция 9.** Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.
((file:l9.pdf Презентация, l9.pdf))

**Лекция 10.** Базы данных: SCOP, CATH; соревнование CASP.
((file:l10.pdf Презентация, l10.pdf))

**Лекция 11.** Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
((file:l11.pdf Презентация, l11.pdf))

**Лекция 12.** Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.
((file:l12.pdf Презентация, l12.pdf)) ((file:chen_10.pdf Статья про ZDOCK))

h2. Домашние задания

- ((StrBioinf/Task1 Занятие 1))
- ((StrBioinf/Task2 Занятие 2))
- ((StrBioinf/Task3 Занятие 3))
- ((StrBioinf/Task4 Занятие 4))
- ((StrBioinf/Task5 Занятие 5))
- ((StrBioinf/Task6 Занятие 6))
- ((StrBioinf/Task7 Занятие 7))
- ((StrBioinf/Task8 Занятие 8))
- ((StrBioinf/Task9 Занятие 9))
- ((StrBioinf/Task10 Занятие 10))
- ((StrBioinf/Task12 Занятие 12))

h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.

Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все.

h2. Рекомендованная литература