Shad

Version 3 (Andrey Golovin, 25.03.2013 20:45)

1 2 Andrey Golovin
h1. Структурная Биоинформатика в ШАД (Школа анализа данных Yandex)
2 1 Andrey Golovin
3 1 Andrey Golovin
4 1 Andrey Golovin
Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ
5 1 Andrey Golovin
6 1 Andrey Golovin
E-mail: golovin@genebee.msu.ru
7 1 Andrey Golovin
8 1 Andrey Golovin
Почта для заданий: G0L0VIN.ANDREY@yandex.ru
9 1 Andrey Golovin
10 2 Andrey Golovin
{{toc}}
11 2 Andrey Golovin
12 2 Andrey Golovin
h2. Результаты работ.
13 2 Andrey Golovin
14 1 Andrey Golovin
Update: Обновил результаты проверки работ, на сегодня только четыре человека сделали все задания.
15 1 Andrey Golovin
16 1 Andrey Golovin
текст ссылки на таблицу: https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdDBhYjY5c3pMZHJjd0g1WTlvcXh6a2c
17 1 Andrey Golovin
18 1 Andrey Golovin
"Результаты проверки заданий":https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdDBhYjY5c3pMZHJjd0g1WTlvcXh6a2c
19 1 Andrey Golovin
20 1 Andrey Golovin
21 2 Andrey Golovin
h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».
22 1 Andrey Golovin
23 1 Andrey Golovin
   
24 2 Andrey Golovin
# Строение белков. Аимнокислоты. Структуры. Банк PDB
25 2 Andrey Golovin
# PyMol, инструмент визуализации структур.
26 2 Andrey Golovin
# Предсказание и определение вторичной структуры белка.
27 2 Andrey Golovin
# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
28 2 Andrey Golovin
# Молекулярная механика. Силовые поля.
29 2 Andrey Golovin
# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
30 2 Andrey Golovin
# Молекулярная динамика.
31 2 Andrey Golovin
# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
32 2 Andrey Golovin
# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
33 2 Andrey Golovin
# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
34 2 Andrey Golovin
# Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
35 2 Andrey Golovin
# ???? Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.
36 1 Andrey Golovin
37 1 Andrey Golovin
38 2 Andrey Golovin
h2. Презентации к лекциям
39 1 Andrey Golovin
40 2 Andrey Golovin
*Лекция 1.*  Строение белков. Структура и организация.
41 3 Andrey Golovin
attachment:prez.pdf |
42 3 Andrey Golovin
"Презентация, l1.pdf":http://redmine.lab/attachments/download/99/l2.pdf
43 1 Andrey Golovin
44 1 Andrey Golovin
**Лекция 2.** PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур.
45 3 Andrey Golovin
"Презентация, l2.pdf":
46 1 Andrey Golovin
 
47 1 Andrey Golovin
**Лекция 3.** Предсказание вторичной структуры белка.
48 1 Andrey Golovin
((file:l3.pdf Презентация, l3.pdf))
49 1 Andrey Golovin
50 1 Andrey Golovin
**Лекция 4.** Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки.
51 1 Andrey Golovin
((file:l4.pdf Презентация, l4.pdf))
52 1 Andrey Golovin
53 1 Andrey Golovin
**Лекция 5.** Молекулярная механика. Силовые поля.
54 1 Andrey Golovin
((file:l5.pdf Презентация, l5.pdf))
55 1 Andrey Golovin
56 1 Andrey Golovin
**Лекция 6.** Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика.
57 1 Andrey Golovin
((file:l6.pdf Презентация, l6.pdf))
58 1 Andrey Golovin
59 1 Andrey Golovin
**Лекция 7.** Молекулярная динамика.
60 1 Andrey Golovin
((file:l7.pdf Презентация, l7.pdf))
61 1 Andrey Golovin
62 1 Andrey Golovin
**Лекция 8.** Моделирование самосборки белка.
63 1 Andrey Golovin
((file:l8.pdf Презентация, l8.pdf))
64 1 Andrey Golovin
65 1 Andrey Golovin
**Лекция 9.** Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.
66 1 Andrey Golovin
((file:l9.pdf Презентация, l9.pdf))
67 1 Andrey Golovin
68 1 Andrey Golovin
**Лекция 10.** Базы данных: SCOP, CATH; соревнование CASP.
69 1 Andrey Golovin
((file:l10.pdf Презентация, l10.pdf))
70 1 Andrey Golovin
71 1 Andrey Golovin
**Лекция 11.** Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
72 1 Andrey Golovin
((file:l11.pdf Презентация, l11.pdf))
73 1 Andrey Golovin
74 1 Andrey Golovin
**Лекция 12.** Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.
75 1 Andrey Golovin
((file:l12.pdf Презентация, l12.pdf)) ((file:chen_10.pdf Статья про ZDOCK))
76 1 Andrey Golovin
77 2 Andrey Golovin
h2. Домашние задания
78 2 Andrey Golovin
79 1 Andrey Golovin
  - ((StrBioinf/Task1 Занятие 1))
80 1 Andrey Golovin
  - ((StrBioinf/Task2 Занятие 2))
81 1 Andrey Golovin
  - ((StrBioinf/Task3 Занятие 3))
82 1 Andrey Golovin
  - ((StrBioinf/Task4 Занятие 4))
83 1 Andrey Golovin
  - ((StrBioinf/Task5 Занятие 5))
84 1 Andrey Golovin
  - ((StrBioinf/Task6 Занятие 6))
85 1 Andrey Golovin
  - ((StrBioinf/Task7 Занятие 7)) 
86 1 Andrey Golovin
  - ((StrBioinf/Task8 Занятие 8)) 
87 1 Andrey Golovin
  - ((StrBioinf/Task9 Занятие 9)) 
88 1 Andrey Golovin
  - ((StrBioinf/Task10 Занятие 10))   
89 1 Andrey Golovin
  - ((StrBioinf/Task12 Занятие 12))   
90 1 Andrey Golovin
91 2 Andrey Golovin
h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.
92 1 Andrey Golovin
93 1 Andrey Golovin
Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все. 
94 1 Andrey Golovin
95 2 Andrey Golovin
h2. Рекомендованная литература