Shad

Version 16 (Andrey Golovin, 22.11.2016 18:00)

1 2 Andrey Golovin
h1. Структурная Биоинформатика в ШАД (Школа анализа данных Yandex)
2 1 Andrey Golovin
3 1 Andrey Golovin
4 1 Andrey Golovin
Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ
5 1 Andrey Golovin
6 1 Andrey Golovin
E-mail: golovin@genebee.msu.ru
7 1 Andrey Golovin
8 1 Andrey Golovin
Почта для заданий: G0L0VIN.ANDREY@yandex.ru
9 1 Andrey Golovin
10 2 Andrey Golovin
{{toc}}
11 2 Andrey Golovin
12 2 Andrey Golovin
h2. Результаты работ.
13 2 Andrey Golovin
14 12 Andrey Golovin
их ещё нет
15 1 Andrey Golovin
16 1 Andrey Golovin
17 2 Andrey Golovin
h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».
18 1 Andrey Golovin
19 1 Andrey Golovin
   
20 2 Andrey Golovin
# Строение белков. Аимнокислоты. Структуры. Банк PDB
21 2 Andrey Golovin
# PyMol, инструмент визуализации структур.
22 2 Andrey Golovin
# Предсказание и определение вторичной структуры белка.
23 1 Andrey Golovin
# Молекулярная механика. Силовые поля.
24 16 Andrey Golovin
# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
25 1 Andrey Golovin
# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
26 2 Andrey Golovin
# Молекулярная динамика.
27 2 Andrey Golovin
# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
28 2 Andrey Golovin
# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
29 12 Andrey Golovin
# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии. Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
30 12 Andrey Golovin
#  Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.
31 1 Andrey Golovin
32 1 Andrey Golovin
33 2 Andrey Golovin
h2. Презентации к лекциям
34 1 Andrey Golovin
35 7 Andrey Golovin
*Лекция 1.*  Строение белков. Структура и организация. {{dmsf(11, Презентация)}}
36 4 Andrey Golovin
37 7 Andrey Golovin
*Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. {{dmsf(12, Презентация)}}
38 1 Andrey Golovin
39 7 Andrey Golovin
**Лекция 3.** Предсказание вторичной структуры белка.{{dmsf(13, Презентация)}}
40 1 Andrey Golovin
41 16 Andrey Golovin
**Лекция 4.** Молекулярная механика. Силовые поля. {{dmsf(15, Презентация)}}
42 1 Andrey Golovin
43 16 Andrey Golovin
**Лекция 5.** Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. {{dmsf(14, Презентация)}}
44 1 Andrey Golovin
45 7 Andrey Golovin
**Лекция 6.** Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. {{dmsf(16, Презентация)}}
46 1 Andrey Golovin
47 7 Andrey Golovin
**Лекция 7.** Молекулярная динамика.{{dmsf(17, Презентация)}}
48 1 Andrey Golovin
49 7 Andrey Golovin
**Лекция 8.** Моделирование самосборки белка.{{dmsf(18, Презентация)}}
50 1 Andrey Golovin
51 7 Andrey Golovin
**Лекция 9.** Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.{{dmsf(19, Презентация)}}
52 1 Andrey Golovin
53 7 Andrey Golovin
**Лекция 10.** Базы данных: SCOP, CATH; соревнование CASP.{{dmsf(20, Презентация)}}
54 1 Andrey Golovin
55 7 Andrey Golovin
**Лекция 11.** Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.{{dmsf(21, Презентация)}}
56 1 Andrey Golovin
57 8 Andrey Golovin
**Лекция 12.** Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.{{dmsf(22, Презентация)}} / {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}}
58 1 Andrey Golovin
59 1 Andrey Golovin
h2. Домашние задания
60 1 Andrey Golovin
61 10 Andrey Golovin
* [[Shad/Task1| Занятие 1]]
62 10 Andrey Golovin
* [[Shad/Task2| Занятие 2]]
63 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task3| Занятие 3]]
64 10 Andrey Golovin
* [[Shad/Task4| Занятие 4]]
65 16 Andrey Golovin
* [[Shad/Task7| Занятие 5]] 
66 16 Andrey Golovin
* [[Shad/Task6| Занятие 6]]
67 16 Andrey Golovin
* [[Shad/Task6#Анализ результатов| Занятие 7]]
68 10 Andrey Golovin
* [[Shad/Task8| Занятие 8]] 
69 10 Andrey Golovin
* [[Shad/Task9| Занятие 9]] 
70 13 Andrey Golovin
* [[Shad/Task12| Занятие 10]]
71 1 Andrey Golovin
72 2 Andrey Golovin
h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.
73 1 Andrey Golovin
74 11 Arthur Zalevsky
Достаточно сдать все практикумы на тройку. Обязательно все.
75 1 Andrey Golovin
76 2 Andrey Golovin
h2. Рекомендованная литература