Вопросы¶

• Описание SRS
• Предсказание вторичной структуры белков
• Предсказание вторичной структуры нуклеиновых кислот
• Домены, топология и укладка белков. SCOP, CATH.
• Молекулярная механика Простое уравнение силового поля
• Электростатические взаимодействия. Двойное обрезание. Суммирование Эвальда
• Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия Взаимодействия между разными типами атомов
• Молекулярная динамика
• Периодические граничные условия
• Температура Контроль давления в системе
• Сравнительное моделирование третичной структуры
• Степень идентичности и сравнительное моделирование
• Предсказание структуры белка Ab initio
• Линейное представление молекул, SMILES
• SMARTS: паттерны для SMILES
• Докинг белок-лиганд
• Белок-Белок докинг