ChemTask3
Version 1 (Andrey Golovin, 01.10.2013 23:27)
1 | 1 | Andrey Golovin | h2. Поисковые системы и базы данных |
---|---|---|---|
2 | 1 | Andrey Golovin | |
3 | 1 | Andrey Golovin | |
4 | 1 | Andrey Golovin | |
5 | 1 | Andrey Golovin | h3. 1. С помощью SRS найдите ваш белок в банке SwissProt и опишите не менее трех "особенностей" (features) в его аминокислотной последовательности |
6 | 1 | Andrey Golovin | |
7 | 1 | Andrey Golovin | * *SRS* http://srs.ebi.ac.uk/ |
8 | 1 | Andrey Golovin | * На странице *Library page* отметьте *UniPRotKB/Swiss-Prot* |
9 | 1 | Andrey Golovin | * Выберите *Standard Query Form* |
10 | 1 | Andrey Golovin | * В одном из полей запроса выберите *ID* и внесите в окошко идентификатор вашего белка (или выберите *Accession Number* и внесите в окошко код доступа белка). |
11 | 1 | Andrey Golovin | * Нажмите *Search*. Проследуйте по гиперссылке в левом столбце таблицы. |
12 | 1 | Andrey Golovin | * Выберите очередную особенность. Рекомендую выбрать такую, которая относится к целому участку, а не к одному остатку. Пройдите по гиперссылке. Сохраните информацию об особенности в протоколе для последующего оформления на сайте(в данном случае проще скопировать с экрана). Опишите своими словами в чем состоит особенность. Последовательность особенности должна быть приведена обязательно. |
13 | 1 | Andrey Golovin | |
14 | 1 | Andrey Golovin | |
15 | 1 | Andrey Golovin | |
16 | 1 | Andrey Golovin | h3. 2. Получите и сохраните описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к вашему белку |
17 | 1 | Andrey Golovin | |
18 | 1 | Andrey Golovin | * Вернитесь на страницу находок |
19 | 1 | Andrey Golovin | * Обратите внимание на окошко *Apply options to* слева. В нем указано к каким находкам буду применяться последующие действия. Отметьте галочкой находку, если сочтете необходимым. |
20 | 1 | Andrey Golovin | * Перейдите по ссылке *Link to related information* |
21 | 1 | Andrey Golovin | * Выберите банк *PDB* |
22 | 1 | Andrey Golovin | * Получив список, сохраните информацию по ссылке *Save*. Перед сохранением следует следить за тем, что в окошке указано: |
23 | 1 | Andrey Golovin | * сохранение в текстовом формате - *File(text)* |
24 | 1 | Andrey Golovin | * число *Number of entries to download* больше числа сохраняемых записей |
25 | 1 | Andrey Golovin | * результат сохраняется в нужном вам виде; в данном случае, *Save with view* установить на *PDBShortView* (а можно было бы выбрать *Complete entries*, или *fasta sequences*, или др.) |
26 | 1 | Andrey Golovin | * имя и расширение сохраняемого файла были подходящими |
27 | 1 | Andrey Golovin | |
28 | 1 | Andrey Golovin | |
29 | 1 | Andrey Golovin | |
30 | 1 | Andrey Golovin | h3. 3. Найдите полноразмерные белки из Firmicutes, выполняющие функцию, сходную с функцией вашего белка |
31 | 1 | Andrey Golovin | |
32 | 1 | Andrey Golovin | * Пользуясь SRS, составьте несколько (не менее двух) запросов к банку *Swissprot* и заполните "Таблицу":https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_11/term2/table_3-1.html |
33 | 1 | Andrey Golovin | * Строка запроса содержится в верхней части страницы с результатами, в окошке *Query*. |
34 | 1 | Andrey Golovin | * При составлении запроса имейте в виду, что слова, входящие в описание вашего белка, ''приндексированы'' независимо друг от друга, поэтому имеет смысл вводить их по одному, соединяя знаком &. |
35 | 1 | Andrey Golovin | * Чтобы исключить записи, содержащие лишь фрагмент последовательности, используйте оператор *НО НЕ* и тот факт, что слово *fragment* указывается в поле *DE*. Составьте запрос и на все последовательности, и на полноразмерные (не фрагменты) только. |
36 | 1 | Andrey Golovin | * Если описание содержит несколько синонимов (в таблице синонимы названы "формулировками функции"), то имеет смысл сделать несколько запросов - по одному на каждый синоним. Если синонимов нет, ограничьтесь одним запросом. |
37 | 1 | Andrey Golovin | * Для проверки почему запрос не дает ожидаемого результата используйте ссылку *i* слева от строки запроса, в которой выбрано поле для поиска. Если в открывшееся окошко *List values that match* введёте искомое слово, и, при необходимости, "*" на конце, то получите полную информацию о его встречаемости в данном поле в данном банке. |
38 | 1 | Andrey Golovin | |
39 | 1 | Andrey Golovin | |
40 | 1 | Andrey Golovin | |
41 | 1 | Andrey Golovin | h3. 4. Сохраните полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате |
42 | 1 | Andrey Golovin | |
43 | 1 | Andrey Golovin | * Вернитесь к наиболее подходящему запросу из задания 3. Для этого перейдите по ссылке *Results* из верхнего меню, отметьте галочкой нужный запрос из списка всех ваших запросов и *Return query*. Если находок много (больше 10), то отметьте галочками 10 из них, желательно, действительно гомологичных (т.е. родственных) вашему белку. Если находок мало (меньше 10), то ищите по БД Uniprot. |
44 | 1 | Andrey Golovin | * См. инструкции по сохранению к заданию 2. |
45 | 1 | Andrey Golovin | |
46 | 1 | Andrey Golovin | |
47 | 1 | Andrey Golovin | h3. 5. Сохраните список последовательностей из задания 4, в котором указаны ID, AC последовательностей, организм (Species), название белка (Description) и длина последовательности |
48 | 1 | Andrey Golovin | |
49 | 1 | Andrey Golovin | * Вернитесь к стандартной форме запроса, введите тот же запрос (в вашей Таблице 3-1 он указан) |
50 | 1 | Andrey Golovin | * Ниже запроса в разделе *Create view* выберите нужные поля, *Search* |
51 | 1 | Andrey Golovin | * Если необходимо, отметьте те последовательность, которые были сохранены в fasta формате |
52 | 1 | Andrey Golovin | * Сохраните результат: *Save*. Заказанный вами вид (view) таблицы будет называться SWISSPROT1 или как-то похоже. Сохраните этот вид в файле с подходящим названием и расширением .xls, он представляет из себя плоскую таблицу, которая открывается Excel. |
53 | 1 | Andrey Golovin | |
54 | 1 | Andrey Golovin | На вашей html странице поставьте ссылку на полученный файл. |
55 | 1 | Andrey Golovin | |
56 | 1 | Andrey Golovin | h2. Дополнительные задания |
57 | 1 | Andrey Golovin | |
58 | 1 | Andrey Golovin | |
59 | 1 | Andrey Golovin | h3. 6.Найдите и изучите страницу с описанием поля "Taxonomy" банка Swissprot |
60 | 1 | Andrey Golovin | |
61 | 1 | Andrey Golovin | * В SRS на *Library Page* щелкните по названию банка. Откроется страница с описанием банка. В нижней части этой страницы имеется список полей; названия полей оформлены как гиперссылки на их описания. |
62 | 1 | Andrey Golovin | * Пользуясь возможностями, предоставляемыми этой страницей, ответьте на вопросы (ответы внесите в протокол): |
63 | 1 | Andrey Golovin | ** Названия каких таксонов начинаются на "bacil"? |
64 | 1 | Andrey Golovin | ** Сколько в банке Swissprot записей, описывающих белки из рода Bacillus? |
65 | 1 | Andrey Golovin | ** Сколько в банке Swissprot записей, описывающих белки из отдела Firmicutes? |
66 | 1 | Andrey Golovin | |
67 | 1 | Andrey Golovin | h3. 7. Найдите записи SwissProt , связанные с научными интересами известного российского (советского)биолога А.А.Нейфаха |
68 | 1 | Andrey Golovin | |
69 | 1 | Andrey Golovin | * Для тех записей, в которых Нейфах - автор первой публикации, сохраните табличку Excel, включающую описание белка; авторов, название и год публикации. |
70 | 1 | Andrey Golovin | * Опишите научный интерес Нейфаха. |
71 | 1 | Andrey Golovin | * Используйте следующие возможности SRS: |
72 | 1 | Andrey Golovin | ** включение символов '*' и '?' в слова запроса. |
73 | 1 | Andrey Golovin | ** на странице запроса задание полей, выводимы в таблицу с результатом, см. задание 5 |
74 | 1 | Andrey Golovin | ** выбор находок для сохранения (checkbox): публикации, среди авторов которых нет Нейфаха, следует убрать из таблицы. |
75 | 1 | Andrey Golovin | ** возможности сохранения (save) |