Поисковые системы и базы данных¶
1. С помощью SRS найдите ваш белок в банке SwissProt и опишите не менее трех "особенностей" (features) в его аминокислотной последовательности ¶
- SRS http://srs.ebi.ac.uk/
- На странице Library page отметьте UniPRotKB/Swiss-Prot
- Выберите Standard Query Form
- В одном из полей запроса выберите ID и внесите в окошко идентификатор вашего белка (или выберите Accession Number и внесите в окошко код доступа белка).
- Нажмите Search. Проследуйте по гиперссылке в левом столбце таблицы.
- Выберите очередную особенность. Рекомендую выбрать такую, которая относится к целому участку, а не к одному остатку. Пройдите по гиперссылке. Сохраните информацию об особенности в протоколе для последующего оформления на сайте(в данном случае проще скопировать с экрана). Опишите своими словами в чем состоит особенность. Последовательность особенности должна быть приведена обязательно.
2. Получите и сохраните описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к вашему белку¶
- Вернитесь на страницу находок
- Обратите внимание на окошко Apply options to слева. В нем указано к каким находкам буду применяться последующие действия. Отметьте галочкой находку, если сочтете необходимым.
- Перейдите по ссылке Link to related information
- Выберите банк PDB
- Получив список, сохраните информацию по ссылке Save. Перед сохранением следует следить за тем, что в окошке указано: * сохранение в текстовом формате - File(text) * число Number of entries to download больше числа сохраняемых записей * результат сохраняется в нужном вам виде; в данном случае, Save with view установить на PDBShortView (а можно было бы выбрать Complete entries, или fasta sequences, или др.) * имя и расширение сохраняемого файла были подходящими
3. Найдите полноразмерные белки из Firmicutes, выполняющие функцию, сходную с функцией вашего белка ¶
- Пользуясь SRS, составьте несколько (не менее двух) запросов к банку Swissprot и заполните Таблицу
- Строка запроса содержится в верхней части страницы с результатами, в окошке Query.
- При составлении запроса имейте в виду, что слова, входящие в описание вашего белка, ''приндексированы'' независимо друг от друга, поэтому имеет смысл вводить их по одному, соединяя знаком &.
- Чтобы исключить записи, содержащие лишь фрагмент последовательности, используйте оператор НО НЕ и тот факт, что слово fragment указывается в поле DE. Составьте запрос и на все последовательности, и на полноразмерные (не фрагменты) только.
- Если описание содержит несколько синонимов (в таблице синонимы названы "формулировками функции"), то имеет смысл сделать несколько запросов - по одному на каждый синоним. Если синонимов нет, ограничьтесь одним запросом.
- Для проверки почему запрос не дает ожидаемого результата используйте ссылку i слева от строки запроса, в которой выбрано поле для поиска. Если в открывшееся окошко List values that match введёте искомое слово, и, при необходимости, "*" на конце, то получите полную информацию о его встречаемости в данном поле в данном банке.
4. Сохраните полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате ¶
- Вернитесь к наиболее подходящему запросу из задания 3. Для этого перейдите по ссылке Results из верхнего меню, отметьте галочкой нужный запрос из списка всех ваших запросов и Return query. Если находок много (больше 10), то отметьте галочками 10 из них, желательно, действительно гомологичных (т.е. родственных) вашему белку. Если находок мало (меньше 10), то ищите по БД Uniprot.
- См. инструкции по сохранению к заданию 2.
5. Сохраните список последовательностей из задания 4, в котором указаны ID, AC последовательностей, организм (Species), название белка (Description) и длина последовательности ¶
- Вернитесь к стандартной форме запроса, введите тот же запрос (в вашей Таблице 3-1 он указан)
- Ниже запроса в разделе Create view выберите нужные поля, Search
- Если необходимо, отметьте те последовательность, которые были сохранены в fasta формате
- Сохраните результат: Save. Заказанный вами вид (view) таблицы будет называться SWISSPROT1 или как-то похоже. Сохраните этот вид в файле с подходящим названием и расширением .xls, он представляет из себя плоскую таблицу, которая открывается Excel.
На вашей html странице поставьте ссылку на полученный файл.
Дополнительные задания¶
6.Найдите и изучите страницу с описанием поля "Taxonomy" банка Swissprot ¶
- В SRS на Library Page щелкните по названию банка. Откроется страница с описанием банка. В нижней части этой страницы имеется список полей; названия полей оформлены как гиперссылки на их описания.
- Пользуясь возможностями, предоставляемыми этой страницей, ответьте на вопросы (ответы внесите в протокол):
- Названия каких таксонов начинаются на "bacil"?
- Сколько в банке Swissprot записей, описывающих белки из рода Bacillus?
- Сколько в банке Swissprot записей, описывающих белки из отдела Firmicutes?
7. Найдите записи SwissProt , связанные с научными интересами известного российского (советского)биолога А.А.Нейфаха ¶
- Для тех записей, в которых Нейфах - автор первой публикации, сохраните табличку Excel, включающую описание белка; авторов, название и год публикации.
- Опишите научный интерес Нейфаха.
- Используйте следующие возможности SRS:
- включение символов '*' и '?' в слова запроса.
- на странице запроса задание полей, выводимы в таблицу с результатом, см. задание 5
- выбор находок для сохранения (checkbox): публикации, среди авторов которых нет Нейфаха, следует убрать из таблицы.
- возможности сохранения (save)