Bioinfo

Version 1 (Andrey Golovin, 15.11.2016 18:22)

1 1 Andrey Golovin
h1. Структурная Биоинформатика в школе Биоинформатики
2 1 Andrey Golovin
3 1 Andrey Golovin
4 1 Andrey Golovin
Андрей Головин, д.х.н., доцент факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ
5 1 Andrey Golovin
6 1 Andrey Golovin
E-mail: golovin@belozersky.msu.ru
7 1 Andrey Golovin
8 1 Andrey Golovin
Почта для заданий: G0L0VIN.ANDREY@yandex.ru
9 1 Andrey Golovin
10 1 Andrey Golovin
{{toc}}
11 1 Andrey Golovin
12 1 Andrey Golovin
h2. Результаты работ.
13 1 Andrey Golovin
14 1 Andrey Golovin
их ещё нет
15 1 Andrey Golovin
16 1 Andrey Golovin
17 1 Andrey Golovin
h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».
18 1 Andrey Golovin
19 1 Andrey Golovin
   
20 1 Andrey Golovin
# Строение белков. Аимнокислоты. Структуры. Банк PDB
21 1 Andrey Golovin
# PyMol, инструмент визуализации структур.
22 1 Andrey Golovin
# Предсказание и определение вторичной структуры белка.
23 1 Andrey Golovin
# Молекулярная механика. Силовые поля.
24 1 Andrey Golovin
# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
25 1 Andrey Golovin
# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
26 1 Andrey Golovin
# Молекулярная динамика.
27 1 Andrey Golovin
# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
28 1 Andrey Golovin
# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
29 1 Andrey Golovin
# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии. Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
30 1 Andrey Golovin
# Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.
31 1 Andrey Golovin
32 1 Andrey Golovin
33 1 Andrey Golovin
h2. Презентации к лекциям
34 1 Andrey Golovin
35 1 Andrey Golovin
*Лекция 1.*  Строение белков. Структура и организация. {{dmsf(11, Презентация)}}
36 1 Andrey Golovin
37 1 Andrey Golovin
*Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. {{dmsf(12, Презентация)}}
38 1 Andrey Golovin
39 1 Andrey Golovin
*Лекция 3.* Предсказание вторичной структуры белка.{{dmsf(13, Презентация)}}
40 1 Andrey Golovin
41 1 Andrey Golovin
*Лекция 4.* Молекулярная механика. Силовые поля. {{dmsf(15, Презентация)}}
42 1 Andrey Golovin
43 1 Andrey Golovin
*Лекция 5.* Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. {{dmsf(14, Презентация)}}
44 1 Andrey Golovin
45 1 Andrey Golovin
*Лекция 6.* Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. {{dmsf(16, Презентация)}}
46 1 Andrey Golovin
47 1 Andrey Golovin
*Лекция 7.* Молекулярная динамика.{{dmsf(17, Презентация)}}
48 1 Andrey Golovin
49 1 Andrey Golovin
*Лекция 8.* Моделирование самосборки белка.{{dmsf(18, Презентация)}}
50 1 Andrey Golovin
51 1 Andrey Golovin
*Лекция 9.* Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.{{dmsf(19, Презентация)}}
52 1 Andrey Golovin
53 1 Andrey Golovin
*Лекция 10.* Базы данных: SCOP, CATH; соревнование CASP.{{dmsf(20, Презентация)}}
54 1 Andrey Golovin
55 1 Andrey Golovin
*Лекция 11.* Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.{{dmsf(21, Презентация)}}
56 1 Andrey Golovin
57 1 Andrey Golovin
*Лекция 12.* Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.{{dmsf(22, Презентация)}} / {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}}
58 1 Andrey Golovin
59 1 Andrey Golovin
h2. Домашние задания
60 1 Andrey Golovin
61 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task1| Занятие 1]]
62 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task2| Занятие 2]]
63 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task3| Занятие 3]]
64 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task4| Занятие 4]]
65 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task6| Занятие 5]]
66 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task6#Анализ результатов| Занятие 6]]
67 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task7| Занятие 7]] 
68 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task8| Занятие 8]] 
69 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task9| Занятие 9]] 
70 1 Andrey Golovin
* [[Shad/Task12| Занятие 10]]
71 1 Andrey Golovin
72 1 Andrey Golovin
h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.
73 1 Andrey Golovin
74 1 Andrey Golovin
Достаточно сдать все практикумы на тройку. Обязательно все.
75 1 Andrey Golovin
76 1 Andrey Golovin
h2. Рекомендованная литература