BilAnalysiss

Version 2 (Andrey Golovin, 27.04.2013 14:13)

1 1 Andrey Golovin
h1. Анализ результатов моделирование самосборки липидного бислоя. 
2 1 Andrey Golovin
3 1 Andrey Golovin
Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out... , точки замените на номер задачи.
4 1 Andrey Golovin
5 1 Andrey Golovin
* Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DPPC.
6 1 Andrey Golovin
7 1 Andrey Golovin
<pre>
8 1 Andrey Golovin
      trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20 
9 1 Andrey Golovin
</pre>
10 1 Andrey Golovin
    Откройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:
11 1 Andrey Golovin
<pre>
12 1 Andrey Golovin
       trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol
13 1 Andrey Golovin
</pre>
14 1 Andrey Golovin
    Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходит образование бислоя. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.
15 1 Andrey Golovin
16 1 Andrey Golovin
* Определите площадь занимаемую одним липидом. Для этого вам придется получить размеры ячейки из траектории.
17 1 Andrey Golovin
18 1 Andrey Golovin
<pre>
19 1 Andrey Golovin
       g_traj -f b_md.xtc -s b_md.tpr -ob box_1.xvg
20 1 Andrey Golovin
</pre>
21 1 Andrey Golovin
22 1 Andrey Golovin
*    В файле box_1.xvg содержаться размеры ячейки. В первой колонке время в следющих трёх то, что вам надо. Определите какая ось является нормалью к поверхности бислоя. Постройте зависимость площади по соотвествующим осям ( не нормали к поверхности бислоя) от времени. Норимруйте это значание на один липид в слое.
23 1 Andrey Golovin
24 1 Andrey Golovin
* Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе самосборки.
25 1 Andrey Golovin
<pre>
26 1 Andrey Golovin
       g_sas -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o sas_b.xvg
27 1 Andrey Golovin
</pre>
28 1 Andrey Golovin
 
29 1 Andrey Golovin
*  Постройте в зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о причинах самосборки фософлипидного бислоя.
30 2 Andrey Golovin
* Традиционной мерой оценки фазового состояния бифильных молекул является мера порядка. Для анализа нам понадобится специальный индекс файл. Его сделать не сложно, но долго. Поэтому "скачайте ndx файл":http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/sn1.ndx его и положите в директроию с файлами динамики. Теперь запустите сам анализ, где "P" это ось, которя является нормалью к поверхности бислоя (см. выше): Для конца траектории:
31 1 Andrey Golovin
<pre>
32 1 Andrey Golovin
       g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_end.xvg -n sn1.ndx -b 45000 -d P
33 1 Andrey Golovin
</pre>
34 1 Andrey Golovin
    И для начала траектории
35 1 Andrey Golovin
<pre>
36 1 Andrey Golovin
       g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_start.xvg -n sn1.ndx -e 5000 -d P
37 1 Andrey Golovin
</pre>   
38 1 Andrey Golovin
    Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об изменении параметра порядка при образовании бислоя. 
39 1 Andrey Golovin
40 1 Andrey Golovin
h3. Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчёте и должны сопровождаться обсуждением и выводами