Lifehacks:¶
ls -lt - узнать какой лог последний
sq - посмотреть статус по job'ам
less shift+G - перейти в конец файла
Предварительные работы¶
In [ ]:
cd /hse/amironov/Task8
wget ** все необходимые файлы
# Bash
genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4
editconf -f b_64.gro -o b_64.pdb
editconf -f dppc.gro -o dppc.pdb
правим файл в ноутбуке:
[ molecules ]
; name number
DPPC **64**
Сначала делаем отступ в ячейке от липидов, потом оптимизируем геометрию, потом добавляем воду.
Если бы мы сначала добавили воду, то мы с гораздо меньшей вероятностью пришли бы к оптимальной геометрии молекулы.
editconf -f b_64.gro -o b_ec -d 0.5
grompp -f em -c b_ec -p b -o b_em -maxwarn 2
mdrun -deffnm b_em -v
In [1]:
from IPython.display import display,Image
PyMol Analysis of lipid before system optimization¶
dppc:
In [2]:
Image("dppc.png")
Out[2]:
b_64:
In [3]:
Image("b_64.png")
Out[3]:
Оптимизация геометрии¶
In [ ]:
# Bash
grompp -f em -c b_ec -p b -o b_em -maxwarn 2
mdrun -deffnm b_em -v
Максимальная длина уменьшилась с 2.0210^-2 nm до 1.910^-6 nm
Максимальная сила уменьшилась с 4.3810^5 до 6.1710^2
- формула силового поля
- либо параболические либо еще более сложные взаимодействия, но номер атома постоянно меняется
Добавляем воду¶
In [ ]:
# Bash
genbox -cp b_em -p b -cs spc216 -o b_s
grompp -f pr -c b_s -p b -o b_pr -maxwarn 1
mdrun -deffnm b_pr -v
Взрыва системы не было
In [ ]:
# Bash
grompp -f pr -c b_empr -p b -o b_pr -maxwarn 1
mdrun -deffnm b_pr -v
Переводим в pdb¶
In [ ]:
# Bash
editconf -f b_pr.gro -o b_pr.pdb
editconf -f b_s.gro -o b_s.pdb
PyMol Analysis of lipid after system optimization¶
b_pr:
In [4]:
Image("b_pr.png")
Out[4]:
b_s:
In [5]:
Image("b_s.png")
Out[5]:
b_s, убрали воду:
In [6]:
Image("b_s_without_water.png")
Out[6]:
Если сравнить последнюю картинку с первой (b_64), то заметим, что на самом деле изменений в структуре липидного бислоя не произошло!
Копируем файлы¶
In [ ]:
# Bash
cd ..
scp -r ./Task8 lom:_scratch/chem/
пароль pracchem
Тестовое моделирование на суперкомпьтере¶
In [ ]:
# Bash
ssh lom
cd _scratch/chem/Task8
cp /home/users/golovin/progs/share/gromacs/top/residuetypes.dat .
grompp -f md -c b_pr -p b -o b_md -maxwarn 1
sbatch -n 4 -e error.log -o output.log -t 5 -p test impi /opt/ccoe/gromacs-5.0.4/build/bin/gmx_mpi mdrun -testverlet -deffnm b_md -v
job: 1662130
Смотрим на файл output.log после того, как job пропал из списка.
файл пустой!
смотрим на error.log:
In [7]:
Image("error log.png")
Out[7]:
Также выше в этом файле было указано, что GPU не удалось инициализировать.
Основное моделирование на суперкомпьтере¶
In [ ]:
# Bash
sbatch -N1 --ntasks-per-node=2 -e error-gpu.log -o output.log -t 350 -p gpu impi /opt/ccoe/gromacs-5.0.4/build/bin/gmx_mpi mdrun -testverlet -deffnm b_md -v
Задача №: 1662201
Файл output.log пустой!